Zeus:NAMD: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:NAMD}} Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus. = Informacje ogólne = Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na ...”) |
|||
(Nie pokazano 1 pośredniej wersji utworzonej przez tego samego użytkownika) | |||
Linia 15: | Linia 15: | ||
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Wersja szeregowa ===== | ===== Wersja szeregowa ===== | ||
+ | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
+ | #!/bin/env bash | ||
+ | ##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania | ||
+ | #PBS -l vmem=1gb | ||
+ | ##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle | ||
+ | #PBS -l nodes=1:ppn=1 | ||
+ | ##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina | ||
+ | #PBS -l walltime=1:00:00 | ||
+ | ##### Nazwa kolejki | ||
+ | #PBS -q l_short | ||
+ | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
+ | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
+ | |||
+ | # Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules | ||
+ | module add namd | ||
+ | |||
+ | # Ustawienie szybkiego dysku do obliczen | ||
+ | module add scratch | ||
+ | |||
+ | # sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen | ||
+ | if [ -d $SCRATCH ]; then | ||
+ | export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*} | ||
+ | else | ||
+ | echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!" | ||
+ | exit | ||
+ | fi | ||
+ | |||
+ | # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe | ||
+ | mkdir -p $JOB_TMPDIR | ||
+ | |||
+ | # Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego | ||
+ | cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR | ||
+ | |||
+ | # Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia | ||
+ | cd $JOB_TMPDIR | ||
+ | |||
+ | # uruchomienie zadania | ||
+ | runnamd <plik-konfiguracyjny> | ||
+ | |||
+ | # Zachowanie wynikow dzialania programu | ||
+ | #cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR | ||
+ | |||
+ | #usuniecie plikow tymczasowych | ||
+ | rm -rf $JOB_TMPDIR | ||
+ | |||
+ | </syntaxhighlight> | ||
===== Wersja równoległa ===== | ===== Wersja równoległa ===== |
Aktualna wersja na dzień 11:18, 30 sty 2012
Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.
NAMD 2.7b2
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł namd
module add namd
Program uruchamiamy poleceniem
runnamd <plik-konfiguracyjny>
Przykładowy skrypt
Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
module add namd
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
exit
fi
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR
# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR
# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR
# uruchomienie zadania
runnamd <plik-konfiguracyjny>
# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR
#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR