NAMD

Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.

NAMD 2.7b2

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł namd

 module add namd

Program uruchamiamy poleceniem

runnamd <plik-konfiguracyjny>

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa

#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
module add namd

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania
runnamd <plik-konfiguracyjny>

# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR