Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 21:52, 11 paź 2013

Spis treści

1 Ograniczenia
2 Opis aplikacji
3 Wersje na maszynach Cyfronetu
4 Ograniczenia licencyjne
5 Zalecenia ogólne
6 Sposób uruchamiania

Ograniczenia

Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres:

dla klastra Zeus: mailto:software@zeus.cyfronet.pl
dla klastra Mars: mailto:s.swiac@cyfronet.pl i/lub mailto:p.wyrostek@cyfronet.pl

Opis aplikacji

Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.

Strona producenta: http://gaussian.com/
Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Inna dokumentacja:

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal	Panda	Mars	Zeus	Zeus vSMP	Zeus GPGPU
G03(E.01) G09(A.02)	G03(E.01)	G03(D.01) G09(A.02) G09(C.01) G09(D.01)	G03(E.01) G09(A.02) G09(C.01) G09(D.01)

Ograniczenia licencyjne

Wersja	Ilość licencji	Typ licencji
G03	bez ograniczeń	akademicka
G09	bez ograniczeń	akademicka

Zalecenia ogólne

Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.

Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.

Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.

Zmienna środowiskowa $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.

Sposób uruchamiania

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-Opis aplikacji Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.
+==Ograniczenia==
-Strona producenta: http://gaussian.com/ Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm Inna dokumentacja:
+Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres:
-Wersje na maszynach Cyfronetu
+*dla klastra Zeus: mailto:software@zeus.cyfronet.pl
+*dla klastra Mars: mailto:s.swiac@cyfronet.pl i/lub mailto:p.wyrostek@cyfronet.pl
-Baribal Panda Mars Zeus Sort Zeus GPGPU Zeus vSMP - - - G03(E.01) G09(A.02) - -
-Ograniczenia licencyjne Wersja Ilość licencji Typ licencji - bez ograniczeń - Zalecenia ogólne
+==Opis aplikacji==
-Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
+Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.
-Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.
+Strona producenta: http://gaussian.com/ <br>
+Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm <br>
+Inna dokumentacja:
-Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.
+==Wersje na maszynach Cyfronetu==
-Zmienna $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
+{| class="wikitable"
+!Baribal
+!Panda
+!Mars
+!Zeus
+!Zeus vSMP
+!Zeus GPGPU
+|-
+|[[Baribal:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Baribal:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]
+|[[Panda:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]
+|[[Mars:Gaussian#G03.D.01|G03(D.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]]
+|[[Zeus:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]]
+|
+|
+|}
-Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.
+==Ograniczenia licencyjne==
+{| class="wikitable" align="center"
+!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji
+|-
+| align="center"| G03|| bez ograniczeń || akademicka
+|-
+| align="center"| G09 || bez ograniczeń || akademicka
+|}
-Sposób uruchamiania
+==Zalecenia ogólne==
-  Zeus
+*Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
-  Mars?
+*Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.
+*Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe ''SCF=Direct'' w pliku wejściowym definującym obliczenia.
+*Zmienna środowiskowa '''$GAUSS_SCRDIR''' ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
+*Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared'' w wejściowym pliku definującym obliczenia.
+==Sposób uruchamiania==
+[[Baribal:Gaussian|Baribal]]
+[[Mars:Gaussian|Mars]]
+[[Panda:Gaussian|Panda]]
+[[Zeus:Gaussian|Zeus]]