Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
m |
|||
| (Nie pokazano 35 wersji utworzonych przez 5 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | == | + | ==Ograniczenia== |
| − | Strona producenta: http://gaussian.com/ Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm Inna dokumentacja: | + | Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres: |
| + | |||
| + | *dla klastra Zeus: mailto:software@zeus.cyfronet.pl | ||
| + | *dla klastra Mars: mailto:s.swiac@cyfronet.pl i/lub mailto:p.wyrostek@cyfronet.pl | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ==Opis aplikacji== | ||
| + | |||
| + | Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym. | ||
| + | |||
| + | Strona producenta: http://gaussian.com/ <br> | ||
| + | Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm <br> | ||
| + | Inna dokumentacja: | ||
==Wersje na maszynach Cyfronetu== | ==Wersje na maszynach Cyfronetu== | ||
| − | Baribal Panda Mars Zeus | + | {| class="wikitable" |
| + | !Baribal | ||
| + | !Panda | ||
| + | !Mars | ||
| + | !Zeus | ||
| + | !Zeus vSMP | ||
| + | !Zeus GPGPU | ||
| + | |- | ||
| + | |[[Baribal:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Baribal:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]] | ||
| + | |[[Panda:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]] | ||
| + | |[[Mars:Gaussian#G03.D.01|G03(D.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]] | ||
| + | |[[Zeus:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]] | ||
| + | | | ||
| + | | | ||
| + | |} | ||
==Ograniczenia licencyjne== | ==Ograniczenia licencyjne== | ||
| − | Wersja Ilość licencji Typ licencji - bez ograniczeń - | + | {| class="wikitable" align="center" |
| + | !Wersja || Ilość licencji || Typ licencji | ||
| + | |- | ||
| + | | align="center"| G03|| bez ograniczeń || akademicka | ||
| + | |- | ||
| + | | align="center"| G09 || bez ograniczeń || akademicka | ||
| + | |} | ||
==Zalecenia ogólne== | ==Zalecenia ogólne== | ||
| − | Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią. | + | *Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią. |
| − | Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm. | + | *Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm. |
| − | Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia. | + | *Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe ''SCF=Direct'' w pliku wejściowym definującym obliczenia. |
| − | Zmienna $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy. | + | *Zmienna środowiskowa '''$GAUSS_SCRDIR''' ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy. |
| − | Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia. | + | *Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared'' w wejściowym pliku definującym obliczenia. |
==Sposób uruchamiania== | ==Sposób uruchamiania== | ||
| + | [[Baribal:Gaussian|Baribal]] | ||
| + | |||
| + | [[Mars:Gaussian|Mars]] | ||
| + | |||
| + | [[Panda:Gaussian|Panda]] | ||
| − | + | [[Zeus:Gaussian|Zeus]] | |
| − | |||
Aktualna wersja na dzień 21:52, 11 paź 2013
Spis treści
Ograniczenia
Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres:
- dla klastra Zeus: mailto:software@zeus.cyfronet.pl
- dla klastra Mars: mailto:s.swiac@cyfronet.pl i/lub mailto:p.wyrostek@cyfronet.pl
Opis aplikacji
Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.
Strona producenta: http://gaussian.com/
Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Inna dokumentacja:
Wersje na maszynach Cyfronetu
| Baribal | Panda | Mars | Zeus | Zeus vSMP | Zeus GPGPU |
|---|---|---|---|---|---|
| G03(E.01) G09(A.02) |
G03(E.01) | G03(D.01) G09(A.02) G09(C.01) G09(D.01) |
G03(E.01) G09(A.02) G09(C.01) G09(D.01) |
Ograniczenia licencyjne
| Wersja | Ilość licencji | Typ licencji |
|---|---|---|
| G03 | bez ograniczeń | akademicka |
| G09 | bez ograniczeń | akademicka |
Zalecenia ogólne
- Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
- Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.
- Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.
- Zmienna środowiskowa $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
- Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.