Zeus:CFOUR: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:CFOUR}} Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0. = Informacje ogólne = Do ustawiania środowiska urucho...”) |
|||
| Linia 25: | Linia 25: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=1:ppn=1 | + | #PBS -l nodes=1:ppn=1 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ||
#PBS -l pvmem=1gb | #PBS -l pvmem=1gb | ||
| Linia 54: | Linia 54: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=4:ppn=2 | + | #PBS -l nodes=4:ppn=2 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ||
#PBS -l pvmem=3gb | #PBS -l pvmem=3gb | ||
Wersja z 21:58, 28 paź 2012
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add cfour
Domyślna wersja to 1.0.
Program uruchamiany jest poleceniem xcfour.
1.0
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł cfour lub cfour/1.0
module add cfour/1.0
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module load cfour/1.0
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
xcfour >& output.log
Oblicznia w trybie MPI
Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module load cfour/1.0
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
xcfour >& output.log