Zeus:Amber: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
 
Linia 11: Linia 11:
 
Domyślna wersja to '''11-ib'''.
 
Domyślna wersja to '''11-ib'''.
  
−
Pakiet Amber składa się z wielu <tt>adf</tt>.
+
Pakiet Amber składa się z wielu programów, z kótrych naważniejsze to <tt>sander</tt> oraz <tt>pmemd</tt>.
  
−
Dodatkowo pakiet [[ADF]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: <tt>adfcrs</tt>, <tt>adf2aim</tt>, <tt>adfdos</tt>, <tt>adfinput</tt>, <tt>adflevels</tt>, <tt>adfmovie</tt>, <tt>adfnbo</tt>, <tt>adfoutput</tt>, <tt>adfprep</tt>, <tt>adfreport</tt>, <tt>adfspectra</tt>, <tt>adftail</tt>, <tt>adfview</tt>.
+
=11=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>amber/11</tt>
  
−
=2010.02=
+
   <code>module add amber/11</code>
−
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>adf/2010.02</tt>
 
−
 
 
−
   <code>module add adf/2010.02</code>
 
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
===== Obliczenia szeregowe =====
 
===== Obliczenia szeregowe =====
  
−
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
+
Zadanie [[Amber]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
  
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
<syntaxhighlight lang="bash">
Linia 40: Linia 38:
 
#PBS -A nazwa_grantu
 
#PBS -A nazwa_grantu
  
−
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
+
# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
−
module add adf/2010.02
+
module add amber/11
  
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
−
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
+
module add scratch
−
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
+
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 +
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR
  
−
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
+
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS  
 +
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 
cd $PBS_O_WORKDIR
 
cd $PBS_O_WORKDIR
  
−
#uruchomienie programu
+
#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
−
adf < input.in  >& output.log
+
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu tymczasowego
 +
cd $AMBER_TMPDIR
  
 +
# uruchomienie programu
 +
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 +
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
 +
rm -rf  $AMBER_TMPDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 58: Linia 70:
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
  
−
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
+
Zadanie [[Amber] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
  
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
<syntaxhighlight lang="bash">
Linia 75: Linia 87:
 
#PBS -A nazwa_grantu
 
#PBS -A nazwa_grantu
  
−
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
+
# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
−
module add adf/2010.02
+
module add amber/11
  
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
module add scratch
 
module add scratch
−
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
+
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
−
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
+
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
−
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR
  
−
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
+
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS  
 +
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 
cd $PBS_O_WORKDIR
 
cd $PBS_O_WORKDIR
  
−
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
+
#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
−
np=$PBS_NP
+
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu tymczasowego
 +
cd $AMBER_TMPDIR
 +
 
 +
# uruchomienie programu
 +
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout
  
−
#uruchomienie programu
+
# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
−
adf -n $np < input.in  >& output.log
+
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
  
 +
# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
 +
rm -rf  $AMBER_TMPDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>

Aktualna wersja na dzień 14:16, 7 lis 2012


Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Amber w wersjach 11, 11-ib lub 11-abertools12.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add amber

Domyślna wersja to 11-ib.

Pakiet Amber składa się z wielu programów, z kótrych naważniejsze to sander oraz pmemd.

11

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł amber/11 

 module add amber/11

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie Amber będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
module add amber/11

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu tymczasowego
cd $AMBER_TMPDIR

# uruchomienie programu
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout

# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR 

# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
rm -rf  $AMBER_TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie [[Amber] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
module add amber/11

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu tymczasowego
cd $AMBER_TMPDIR

# uruchomienie programu
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout

# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR 

# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
rm -rf  $AMBER_TMPDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:Amber&oldid=1108”