Podstawy: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 17: | Linia 17: | ||
===Uruchamianie zadań === | ===Uruchamianie zadań === | ||
| − | Do uruchamiania zadań służy komenda <tt>qsub</tt>. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków <tt>#PBS</tt>. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. | + | Do uruchamiania zadań służy komenda <tt>qsub</tt>. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków <tt>#PBS</tt>. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy <tt>qsub</tt> zawiera poniższa tabela. |
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! Opcja | ! Opcja | ||
| Linia 24: | Linia 24: | ||
! Uwagi | ! Uwagi | ||
|- | |- | ||
| − | | -l || || Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne | + | | <tt>-l</tt> || || Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. <br> Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka. || |
|- | |- | ||
| − | | || nodes=< | + | | || <tt>nodes=<liczba_węzłów></tt> || służy do specyfikacji liczby wezłów || |
|- | |- | ||
| − | | || ppn=<liczba rdzeni> || Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle || opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] | + | | || <tt>ppn=<liczba rdzeni></tt> || Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle || opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] |
|- | |- | ||
| − | | || mem=<żądana pamięć> || Pamięć wymagana do obliczeń || | + | | || <tt>mem=<żądana pamięć></tt> || Pamięć wymagana do obliczeń || |
|- | |- | ||
| − | | || core8 || || | + | | || <tt>core8</tt> || żądanie uruchomienia obliczeń na węzłach o 8 rdzeniowych || opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] i [[Mars]] |
|- | |- | ||
| − | | || core12 || || | + | | || <tt>core12</tt> || żądanie uruchomienia obliczeń na węzłach o 12 rdzeniach|| opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] i [[Mars]] |
|- | |- | ||
| − | | || infiniband || || | + | | || <tt>infiniband</tt> || żądanie uruchomienia zadania z szybkimi połączeniami Infiniband|| opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] i [[Mars]] |
|- | |- | ||
| − | | -q || < | + | | -q || <nazwa_kolejki>|| specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie |
| + | | - | ||
| + | | <tt>-I</tt> || uruchomienie zadania intraktywnego || | ||
| + | |- | ||
| + | | <tt>-X</tt> || w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych || opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]] i [[Mars]] | ||
|} | |} | ||
Wersja z 09:53, 16 sty 2012
Spis treści
Logowanie
Serwery dostępowe maszyn obliczeniowych dopuszczają jedynie bezpieczne połączenia, dlatego można zalogować się na nie oraz przesyłać pliki, jedynie z wykorzystaniem protokołu SSH. W tym celu można wykorzystać programy slogin, ssh, scp (UNIX/Linux) lub Putty, WinSCP (Windows). Ponadto jeśli planowane jest wykorzystanie programów w wersji okienkowej, niezbędna jest obecność klienta XWindow na komputerze, z którego loguje się użytkownik. W systemach UNIX/Linux wersja XWindow jest zwykle zainstalowana i dostępna dla użytkownika. Systemy Windows nie posiadają serwera XWindow dlatego należy takowy zainstalować. Polecamy instalację darmowego serwera Xów: XMing (http://sourceforge.net/projects/xming).
Logowanie z systemu UNIX/Linux
ssh <nazwa_maszyny_dostępowej>
lub
ssh -l login <nazwa_maszyny_dostępowej>
Logowanie z systemu Windows
Otwieramy program Putty i w polu Host Name okna głównego wpisujemy nazwę maszyny dostępowej i potwierszamy klawiszem "Open". Następnie wpisujemy login i hasło.
Podstawy obsługi systemu kolejkowego
System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia, wykonywania danego zadania, na wskazany adres e-mail.
Uruchamianie zadań
Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.
| Opcja | Parametry | Opis | Uwagi | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| -l | Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka. |
|||||
| nodes=<liczba_węzłów> | służy do specyfikacji liczby wezłów | |||||
| ppn=<liczba rdzeni> | Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle | opcja niedostępna na maszynie Baribal | ||||
| mem=<żądana pamięć> | Pamięć wymagana do obliczeń | |||||
| core8 | żądanie uruchomienia obliczeń na węzłach o 8 rdzeniowych | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars | ||||
| core12 | żądanie uruchomienia obliczeń na węzłach o 12 rdzeniach | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars | ||||
| infiniband | żądanie uruchomienia zadania z szybkimi połączeniami Infiniband | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars | ||||
| -q | <nazwa_kolejki> | specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie | - | -I | uruchomienie zadania intraktywnego | |
| -X | w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars |
Usuwanie zadań
Do usuwania zadań służy komenda qdel.
Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach
Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat.
Zasoby dyskowe
Ogólne zalecenia dotyczące obliczeń
Szybkość wykonywania obliczeń zależy od szeregu czynników.