Podstawy: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 31: | Linia 31: | ||
|- | |- | ||
| || <tt>mem=<żądana pamięć></tt> || Pamięć wymagana do obliczeń || | | || <tt>mem=<żądana pamięć></tt> || Pamięć wymagana do obliczeń || | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
|- | |- | ||
| <tt>-q</tt> || <tt><nazwa_kolejki></tt> || specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie || | | <tt>-q</tt> || <tt><nazwa_kolejki></tt> || specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie || | ||
| Linia 45: | Linia 39: | ||
|} | |} | ||
| − | |||
| − | |||
===Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach=== | ===Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach=== | ||
Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda <tt>qstat</tt>. | Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda <tt>qstat</tt>. | ||
| + | ===Usuwanie zadań=== | ||
| + | Do usuwania zadań służy komenda <tt>qdel</tt>. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą <tt>qstat</tt>. Cała sekwencja może wyglądać następująco: | ||
| + | <pre> | ||
| + | qdel 12345678910 | ||
| + | </pre> | ||
| + | ===Przydatne zmienne systemu kolejkowego=== | ||
| + | * <tt>$PBS_NODEFILE</tt> Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.: | ||
| + | <pre> | ||
| + | export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` | ||
| + | </pre> | ||
| + | * <tt>$PBS_O_WORKDIR</tt> Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.: | ||
| + | <pre> | ||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
==Zasoby dyskowe == | ==Zasoby dyskowe == | ||
Wersja z 10:23, 16 sty 2012
Spis treści
Logowanie
Serwery dostępowe maszyn obliczeniowych dopuszczają jedynie bezpieczne połączenia, dlatego można zalogować się na nie oraz przesyłać pliki, jedynie z wykorzystaniem protokołu SSH. W tym celu można wykorzystać programy slogin, ssh, scp (UNIX/Linux) lub Putty, WinSCP (Windows). Ponadto jeśli planowane jest wykorzystanie programów w wersji okienkowej, niezbędna jest obecność klienta XWindow na komputerze, z którego loguje się użytkownik. W systemach UNIX/Linux wersja XWindow jest zwykle zainstalowana i dostępna dla użytkownika. Systemy Windows nie posiadają serwera XWindow dlatego należy takowy zainstalować. Polecamy instalację darmowego serwera Xów: XMing (http://sourceforge.net/projects/xming).
Logowanie z systemu UNIX/Linux
ssh <nazwa_maszyny_dostępowej>
lub
ssh -l login <nazwa_maszyny_dostępowej>
Logowanie z systemu Windows
Otwieramy program Putty i w polu Host Name okna głównego wpisujemy nazwę maszyny dostępowej i potwierszamy klawiszem "Open". Następnie wpisujemy login i hasło.
Podstawy obsługi systemu kolejkowego
System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia, wykonywania danego zadania, na wskazany adres e-mail.
Uruchamianie zadań
Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.
| Opcja | Parametry | Opis | Uwagi |
|---|---|---|---|
| -l | Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka. | ||
| nodes=<liczba_węzłów> | służy do specyfikacji liczby wezłów | ||
| ppn=<liczba rdzeni> | Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle | opcja niedostępna na maszynie Baribal | |
| mem=<żądana pamięć> | Pamięć wymagana do obliczeń | ||
| -q | <nazwa_kolejki> | specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie | |
| -I | uruchomienie zadania intraktywnego | ||
| -X | w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars |
Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach
Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat.
Usuwanie zadań
Do usuwania zadań służy komenda qdel. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą qstat. Cała sekwencja może wyglądać następująco:
qdel 12345678910
Przydatne zmienne systemu kolejkowego
- $PBS_NODEFILE Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.:
export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
- $PBS_O_WORKDIR Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.:
cd $PBS_O_WORKDIR
Zasoby dyskowe
Ogólne zalecenia dotyczące obliczeń
Szybkość wykonywania obliczeń zależy od szeregu czynników.