Zeus GPGPU:Podstawy: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 48: | Linia 48: | ||
|- | |- | ||
|} | |} | ||
| + | |||
| + | == Przykładowe skrypty dla systemu kolejkowego == | ||
| + | === TeraChem === | ||
| + | <nowiki> | ||
| + | #!/bin/sh | ||
| + | |||
| + | # TeraChem can run on a single node only | ||
| + | #PBS -l nodes=1:ppn=2:gpus=2:exclusive_process | ||
| + | |||
| + | #PBS -N sample_terachem | ||
| + | #PBS -q gpgpu | ||
| + | |||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| + | |||
| + | module add gpu/terachem | ||
| + | |||
| + | $TERACHEMRUN ch.inp > ch.log | ||
| + | </nowiki> | ||
== Zasady obowiązujące na części GPGPU == | == Zasady obowiązujące na części GPGPU == | ||
Wersja z 08:52, 20 mar 2012
Spis treści
Nazwa maszyny dostępowej
Obowiązuje ta sama nazwa co dla reszty klastra Zeus: Nazwa maszyny dostępowej
Zasoby dyskowe
Obowiązują te same zasoby co dla reszty klastra Zeus: Zasoby dyskowe
Dostępne oprogramowanie
Opis dostępnego oprogramowania znajduje się tutaj.
Uruchamianie zadań
System kolejkowy: Torque
Zarządca zasobów: Moab
W celu uruchomienia zadania niezbędna jest wiedza na temat podstawowych komend systemu kolejkowego. [link]
Poza ustawieniem w skrypcie typowych parametrów istotnych dla systemu kolejkowego, konieczna jest specyfikacja parametru gpus oznaczającego żądaną liczbę kart graficznych na pojedynczym węźle obliczeniowym. Często oprogramowanie wymaga, aby karta była jednocześnie dostępna dla wielu procesów. Należy wtedy dodatkowo ustawić jej tryb pracy na shared, specyfikując gpus=1:shared lub gpus=2:shared. Inne możliwe tryby pracy to exclusive_thread i exclusive_process.
W razie potrzeby identyfikatory przydzielonych przez system kolejkowy kart graficznych można sprawdzić wyświetlając zawartość pliku wskazywanego przez zmienną środowiskową $PBS_GPUFILE.
Opis kolejek
| Nazwa kolejki | Maksymalna liczba zadań użytkownika | Maksymalny czas trwania zadania | Dodatkowe informacje |
|---|---|---|---|
| gpgpu | 16 | bez limitu | w każdym węźle są dwie karty GPGPU |
Opis właściwości węzłów obliczeniowych
| Właściwość | Opis |
|---|---|
| mhz2933 | szybkość procesora |
| mem74gb | ilość pamięci RAM w serwerze obliczeniowym |
| n2-2 | lokalizacja, nie potrzebna do obliczeń |
| gpgpu | informacja, że to węzeł z kartą GPGPU |
Przykładowe skrypty dla systemu kolejkowego
TeraChem
#!/bin/sh # TeraChem can run on a single node only #PBS -l nodes=1:ppn=2:gpus=2:exclusive_process #PBS -N sample_terachem #PBS -q gpgpu cd $PBS_O_WORKDIR module add gpu/terachem $TERACHEMRUN ch.inp > ch.log
Zasady obowiązujące na części GPGPU
- Uruchamiane mogą być wyłącznie zadania wykorzystujące GPU
- Obowiązuje całkowity zakaz używania maszyny dostępowej do wykonywania obliczeń. Administratorzy będą przerywać takie procesy bez ostrzeżenia.
- W celu skompilowania programu proszę użyć polecenia:
qsub -I -q gpgpu -l nodes=1:ppn=1:gpus=1
Polecenie to spowoduje zalogowanie użytkownika na węzeł obliczeniowy, tam proszę uruchomić kompilację programu.
- W celu wykonywania obliczeń niezbędne jest podanie identyfikatora grantu za pomocą parametru "-A".
Szczegółowy opis grantów znajduje się tutaj.