Zeus:Amber

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Amber w wersjach 11, 11-ib lub 11-abertools12.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add amber

Domyślna wersja to 11-ib.

Pakiet Amber składa się z wielu adf.

Dodatkowo pakiet ADF zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: adfcrs, adf2aim, adfdos, adfinput, adflevels, adfmovie, adfnbo, adfoutput, adfprep, adfreport, adfspectra, adftail, adfview.

2010.02

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł adf/2010.02

 module add adf/2010.02

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add adf/2010.02

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add adf/2010.02

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log