Zeus:Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(dodano G09 rev C.01)
Linia 7: Linia 7:
  
 
'''Uwaga:''' Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared=y'' w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę <tt>-l  nodes=1:ppn=y</tt> dla systemu kolejkowego (<tt>y</tt> - liczba rdzeni obliczeniowych).
 
'''Uwaga:''' Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared=y'' w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę <tt>-l  nodes=1:ppn=y</tt> dla systemu kolejkowego (<tt>y</tt> - liczba rdzeni obliczeniowych).
 +
 +
'''Uwaga:''' Moduły [[Gaussian]] ustawiają katalog na pliki tymczasowe poprzez odpowiednie ustawienie zmiennej <tt>GAUSS_SCRDIR</tt>. Zaleca się używanie modułu scratch by ustawić katalog na pliki tymczasowe na szybkim systemie plików [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Gdy moduł ten nie zostanie załadowany zmienna <tt>GAUSS_SCRDIR</tt> będzie wskazywała na tymczasowy katalog na lokalnym dysku węzła obliczeniowego utworzony dla zadania.
  
 
=G09.C.01=
 
=G09.C.01=
Linia 30: Linia 32:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev C.01 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g09.C.01
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev C.01 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g09.C.01
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
−
 
 
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 
−
mkdir -p $TMPDIR
 
  
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 58: Linia 51:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 74: Linia 67:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev. C.01 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g09.C.01
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev C.01 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g09.C.01
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
  
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
mkdir -p $TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
−
 
 
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
 
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 102: Linia 86:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 129: Linia 113:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g09.A.02
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g09.A.02
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
−
 
 
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 
−
mkdir -p $JOB_TMPDIR
 
  
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 157: Linia 132:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 173: Linia 148:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g09.A.02
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g09.A.02
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
  
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
mkdir -p $TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
−
 
 
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
 
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 201: Linia 167:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 228: Linia 194:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g03.E.01
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g03.E.01
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
  
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
mkdir -p $TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
−
 
 
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
 
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 256: Linia 213:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 272: Linia 229:
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
−
 
+
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
+
#PBS -A nazwa_grantu
−
module add gaussian/g03.E.01
 
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
module add scratch
 
module add scratch
  
−
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
−
if [ -d $SCRATCH ]; then
+
module add gaussian/g03.E.01
−
  export TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 
−
else
 
−
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 
−
  exit
 
−
fi
 
−
 
 
−
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 
−
mkdir -p $TMPDIR
 
  
−
# ustawienie zmiennej okreslajacej katalog na pliki tymczasowe dla Gaussiana
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
+
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR
  
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
Linia 300: Linia 248:
  
 
#usuniecie plikow tymczasowych
 
#usuniecie plikow tymczasowych
−
rm -rf $TMPDIR
+
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>

Wersja z 16:01, 16 lis 2012

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 i C.01 oraz Gaussian03 w wersji E.01.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).

Uwaga: Moduły Gaussian ustawiają katalog na pliki tymczasowe poprzez odpowiednie ustawienie zmiennej GAUSS_SCRDIR. Zaleca się używanie modułu scratch by ustawić katalog na pliki tymczasowe na szybkim systemie plików Lustre. Gdy moduł ten nie zostanie załadowany zmienna GAUSS_SCRDIR będzie wskazywała na tymczasowy katalog na lokalnym dysku węzła obliczeniowego utworzony dla zadania.

G09.C.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gaussian/g09.C.01 

 module add gaussian/g09.C.01

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev C.01 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g09.C.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g09 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa ze współdzieloną pamięcią
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*12=12GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 rev C.01 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g09.C.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g09 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR


G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gaussian/g09.A.02 

 module add gaussian/g09.A.02

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g09.A.02

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g09 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa ze współdzieloną pamięcią
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*12=12GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian09 i A02 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g09.A.02

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g09 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR


G03.E.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gaussian/g03.E.01 

 module add gaussian/g03.E.01

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g03.E.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g03 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa ze współdzieloną pamięcią
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*12=12GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu Gaussian03 i E01 przy uzyciu Modules
module add gaussian/g03.E.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie zadania
g03 job.com

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:Gaussian&oldid=1127”