Mars:Gaussian

Na klastrze Mars zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji C.01, A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.

Informacje ogólne

Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na klastrze Mars ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego scratch.

Uwaga: Ponieważ wszyskie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiajacych środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).

G09.C.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash

g09root=/opt1/gaussian09-C.01
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g09root /opt1/gaussian09-C.01
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. C.01
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. C.01
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash

g09root=/opt1/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g09root /opt1/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
  g09root=/opt1/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
  g09root=/opt1/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G03.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)

g03root=/opt1/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g03root /opt1/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
  g03root=/opt1/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa (dla powłoki bash)

<syntaxhighlight lang="bash">

 #!/bin/env bash
 #PBS -l mem=2gb
 #PBS -l nodes=1:ppn=4
 #PBS -q short
 #PBS -N nazwa_zadania
 
 # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
 g03root=/opt1/gaussian03
 export g03root
 . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
 # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
 # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 
 # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 cd $PBS_O_WORKDIR

 #uruchomienie zadania
 g03 job.com
 
 #usuniecie plikow tymczasowych
 rm -rf $GAUSS_SCRDIR