VASP: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(Utworzył nową stronę „==Opis aplikacji== '''V'''ienna '''A'''b '''i'''nitio '''S'''imulation Package (VASP) jest programem umożliwiającym modelowanie materiałów na poziomie atomowym ...”)
 
(Dodano informacje o uruchamianiu VASP oraz skrypty przykładowe)
 
Linia 20: Linia 20:
 
|
 
|
 
|
 
|
−
|align="center"|[[Zeus:VASP#4.6|4.6]]
+
|align="center"|[[Zeus:VASP#4.6|4.6]] <br\> [[Zeus:VASP#5.3.3|5.3.3]]
 
|
 
|
 
|
 
|
Linia 27: Linia 27:
 
==Ograniczenia licencyjne==
 
==Ograniczenia licencyjne==
 
{| class="wikitable" style="text-align: center;"
 
{| class="wikitable" style="text-align: center;"
−
!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji  
+
!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji || Informacje dodatkowe
 
|-
 
|-
−
| 4.6 || - || indywidualne grupy badwacze
+
| 4.6 || - || indywidualne grupy badawcze ||
 +
|-
 +
| 5.3.3 || - || indywidualne grupy badawcze || Wyłącznie na procesory AMD
 
|}
 
|}
  
Linia 35: Linia 37:
  
 
==Zalecenia ogólne==
 
==Zalecenia ogólne==
 +
 +
Aby uruchamiać program VASP łatwiej została stworzona zmienna $VASP_RUN, która zawiera automatyczne wykonywanie programu VASP w trybie OpenMPI. Przykładowo dla poniższych skryptów zmienna ta będzie wyglądała:
 +
 +
mpiexec -n 4 --bind-to-core /software/local/el6/AMD/vasp5/5.3.3/vasp
 +
 +
'''Do używania programu VASP5 wymagany jest dostęp do procesorów AMD oraz ich specyfikacja dla wymagań w systemie kolejkowym.'''
  
 
==Sposób uruchamiania==
 
==Sposób uruchamiania==
 +
==== Przykładowe skrypty wersji 5.3.3 ====
 +
===== PBS =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/bash
 +
#PBS -N test
 +
#PBS -A nazwaGrantu
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=4:amd
 +
#PBS -l mem=4gb
 +
#PBS -q plgrid
 +
#PBS -e results.err
 +
#PBS -o results.out
 +
#PBS -m abe
 +
#PBS -M moj@adres.email
 +
 +
 +
# zaladowanie modulu
 +
module load el6/apps/vasp5/5.3.3
 +
 +
# wejscie do katalogu z ktorego zostalo uruchomione polecenie qsub i w ktorym znajduje się skrypt PBS oraz pliki wejsciowe
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# uruchomienie vaspa
 +
$VASP_RUN
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== QCG =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/bash
 +
 +
#QCG note=VASP test
 +
#QCG name=test
 +
#QCG grant=nazwaGrantu
 +
 +
#QCG host=zeus.cyfronet.pl
 +
#QCG nodes=1:4:4
 +
#QCG properties=amd
 +
#QCG memory=4096
 +
#QCG queue=plgrid
 +
 +
#QCG stage-in-file=INCAR
 +
#QCG stage-in-file=KPOINTS
 +
#QCG stage-in-file=POSCAR
 +
#QCG stage-in-file=POTCAR
 +
#QCG stage-out-file=results.txt
 +
#QCG stage-out-dir=. -> results
 +
#QCG output=output.txt
 +
 +
# zaladowanie modulu
 +
module load el6/apps/vasp5/5.3.3
 +
 +
# uruchomienie vaspa
 +
$VASP_RUN
 +
</syntaxhighlight>
  
 
[[Zeus:VASP|Zeus]]
 
[[Zeus:VASP|Zeus]]

Aktualna wersja na dzień 08:22, 25 lip 2013

Opis aplikacji

Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) jest programem umożliwiającym modelowanie materiałów na poziomie atomowym poprzez obliczanie struktury elektronowej oraz symulacje dynamiki molekularnej.

Strona producenta: https://www.vasp.at
Dokumentacja producenta: https://www.vasp.at/index.php/documentation
Inna dokumentacja: http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal Panda Mars Zeus Zeus vSMP Zeus GPGPU
4.6 <br\> 5.3.3

Ograniczenia licencyjne

Wersja Ilość licencji Typ licencji Informacje dodatkowe
4.6 - indywidualne grupy badawcze
5.3.3 - indywidualne grupy badawcze Wyłącznie na procesory AMD

Uwaga: VASP zainstalowany na komputerach w ACK Cyfronet AGH jest dostępny jedynie dla grup badawczych posiadających własne licencje na to oprogramowanie. W celu otrzymania dostępu do oprogramowania należy skontakotwać się z Helpdeskiem PL-Grid (https://helpdesk.plgrid.pl/ lub helpdesk@plgrid.pl)

Zalecenia ogólne

Aby uruchamiać program VASP łatwiej została stworzona zmienna $VASP_RUN, która zawiera automatyczne wykonywanie programu VASP w trybie OpenMPI. Przykładowo dla poniższych skryptów zmienna ta będzie wyglądała: 

mpiexec -n 4 --bind-to-core /software/local/el6/AMD/vasp5/5.3.3/vasp

Do używania programu VASP5 wymagany jest dostęp do procesorów AMD oraz ich specyfikacja dla wymagań w systemie kolejkowym.

Sposób uruchamiania

Przykładowe skrypty wersji 5.3.3

PBS
#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -A nazwaGrantu
#PBS -l nodes=1:ppn=4:amd
#PBS -l mem=4gb
#PBS -q plgrid
#PBS -e results.err
#PBS -o results.out
#PBS -m abe
#PBS -M moj@adres.email


# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# wejscie do katalogu z ktorego zostalo uruchomione polecenie qsub i w ktorym znajduje się skrypt PBS oraz pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN
QCG
#!/bin/bash

#QCG note=VASP test
#QCG name=test
#QCG grant=nazwaGrantu

#QCG host=zeus.cyfronet.pl
#QCG nodes=1:4:4
#QCG properties=amd
#QCG memory=4096
#QCG queue=plgrid

#QCG stage-in-file=INCAR
#QCG stage-in-file=KPOINTS
#QCG stage-in-file=POSCAR	
#QCG stage-in-file=POTCAR
#QCG stage-out-file=results.txt
#QCG stage-out-dir=. -> results
#QCG output=output.txt

# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

Zeus

Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=VASP&oldid=1508”