Vasp

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet VASP w wersji 4.6 oraz 5.3.3.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania VASP przygotowano moduły vasp/<nazwa-wersji> lub el6/apps/vasp5/<nazwa-wersji>

Program uruchamiamy poleceniem vasp lub korzystając z komendy $VASP_RUN, która ustawia środowisko do obliczeń w trybie OpenMPI.

Aby uruchamiać program VASP łatwiej została stworzona zmienna $VASP_RUN, która zawiera automatyczne wykonywanie programu VASP w trybie OpenMPI. Przykładowo dla poniższych skryptów wersji 5.3.3 zmienna ta będzie wyglądała następująco:

mpiexec -n 4 --bind-to-core /software/local/el6/AMD/vasp5/5.3.3/vasp

Do używania programu VASP5 wymagany jest dostęp do procesorów AMD oraz ich specyfikacja dla wymagań w systemie kolejkowym.

4.6

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł vasp/4.6

 module add vasp/4.6

Program uruchamiamy poleceniem $RUN_VASP

Przykładowy skrypt

PBS

#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -A nazwaGrantu
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l mem=4gb
#PBS -q plgrid
#PBS -e results.err
#PBS -o results.out
#PBS -m abe
#PBS -M moj@adres.email


# zaladowanie modulu
module load vasp/4.6

# wejscie do katalogu z ktorego zostalo uruchomione polecenie qsub i w ktorym znajduje się skrypt PBS oraz pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

QCG

#!/bin/bash

#QCG note=VASP test
#QCG name=test
#QCG grant=nazwaGrantu

#QCG host=zeus.cyfronet.pl
#QCG nodes=1:4:4
#QCG properties=amd
#QCG memory=4096
#QCG queue=plgrid

#QCG stage-in-file=INCAR
#QCG stage-in-file=KPOINTS
#QCG stage-in-file=POSCAR	
#QCG stage-in-file=POTCAR
#QCG stage-out-file=results.txt
#QCG stage-out-dir=. -> results
#QCG output=output.txt

# zaladowanie modulu
module load vasp/4.6

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

5.3.3

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł el6/apps/vasp5/5.3.3

 module add el6/apps/vasp5/5.3.3

Program uruchamiamy poleceniem $VASP_RUN

Przykładowy skrypt

PBS

#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -A nazwaGrantu
#PBS -l nodes=1:ppn=4:amd
#PBS -l mem=4gb
#PBS -q plgrid
#PBS -e results.err
#PBS -o results.out
#PBS -m abe
#PBS -M moj@adres.email


# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# wejscie do katalogu z ktorego zostalo uruchomione polecenie qsub i w ktorym znajduje się skrypt PBS oraz pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

QCG

#!/bin/bash

#QCG note=VASP test
#QCG name=test
#QCG grant=nazwaGrantu

#QCG host=zeus.cyfronet.pl
#QCG nodes=1:4:4
#QCG properties=amd
#QCG memory=4096
#QCG queue=plgrid

#QCG stage-in-file=INCAR
#QCG stage-in-file=KPOINTS
#QCG stage-in-file=POSCAR	
#QCG stage-in-file=POTCAR
#QCG stage-out-file=results.txt
#QCG stage-out-dir=. -> results
#QCG output=output.txt

# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN