Podstawy: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 12:17, 16 sty 2012

Spis treści

1 Logowanie
- 1.1 Logowanie z systemu UNIX/Linux
- 1.2 Logowanie z systemu Windows
2 Podstawy obsługi systemu kolejkowego
3 Zasoby dyskowe
4 Ogólne zalecenia dotyczące obliczeń
5 Informacje szczegółowe

Logowanie

Serwery dostępowe maszyn obliczeniowych dopuszczają jedynie bezpieczne połączenia, dlatego można zalogować się na nie oraz przesyłać pliki, jedynie z wykorzystaniem protokołu SSH. W tym celu można wykorzystać programy slogin, ssh, scp (UNIX/Linux) lub Putty, WinSCP (Windows). Ponadto jeśli planowane jest wykorzystanie programów w wersji okienkowej, niezbędna jest obecność klienta XWindow na komputerze, z którego loguje się użytkownik. W systemach UNIX/Linux wersja XWindow jest zwykle zainstalowana i dostępna dla użytkownika. Systemy Windows nie posiadają serwera XWindow dlatego należy takowy zainstalować. Polecamy instalację darmowego serwera Xów: XMing (http://sourceforge.net/projects/xming).

Logowanie z systemu UNIX/Linux

ssh <nazwa_maszyny_dostępowej>

lub

ssh -l login <nazwa_maszyny_dostępowej>

Logowanie z systemu Windows

Otwieramy program Putty i w polu Host Name okna głównego wpisujemy nazwę maszyny dostępowej i potwierszamy klawiszem "Open". Następnie wpisujemy login i hasło.

Podstawy obsługi systemu kolejkowego

System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia, wykonywania danego zadania, na wskazany adres e-mail.

Uruchamianie zadań

Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.

Opcja	Parametry	Opis	Uwagi
`-l`		Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka.
	`nodes=<liczba_węzłów>`	Parametr służy do specyfikacji liczby wezłów
	`ppn=<liczba rdzeni>`	Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle	opcja niedostępna na maszynie Baribal
	`walltime=<czas obliczeń>`	Maksymalny czas obliczeń. Czas należy podawać w formacie DD:GG:MM:SS gdzie DD, GG, MM, SS oznaczają odpowiednio żądaną liczbę dni, godzin, minut i sekund na zadanie.
`-N`	`<nazwa_zadania>`	Nazwa zadania w systemie kolejkowym
`-j`	`oe`	Połączenie standardowego wyjścia ze standardowym wyjściem błędów podczas wykonywania obliczeń
`-m`	`b`, `e` lub `a`	System kolejkowy wyśle e-mail do użytkownika jeśli zadanie rozpocznie się wykonywać `b`, skończy wykonywać `e` lub zostanie przerwane `a`.
`-M`	`<adres@e-mail.użytkownika>`	Adres e-mail użytkownika na który ma zostać wysłana wiadomość o stanie zadania
`-q`	`<nazwa_kolejki>`	Specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie
`-I`		uruchomienie zadania intraktywnego
`-X`		w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych	opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars

Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach

Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat. Wywołanie komendy bez parametrów spowoduje wyświetlenie informacji o wszystkich zadaniach w kolejkach. Najczęściej używane opcje komendy qstat zebrano w tabeli poniżej.

Opcja	Parametry	Opis
`-q`	`<nazwa_kolejki>`	Bez parametrów wyświetla informacje o dostępnych kolejkach i ich parametrach.
`-u`	`<nazwa_użytkownika>`	Wyświetla informacje o zadaniach danego użytkownika.
`<identyfikator zadania>`		Wyświetla informacje o danym zadaniu.
`-f`		Pełna informacj o wszystkich zadaniach systemu kolejkowego.

Usuwanie zadań

Do usuwania zadań służy komenda qdel. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą qstat. Cała sekwencja może wyglądać następująco:

qdel 12345678910

Przydatne zmienne systemu kolejkowego

$PBS_NODEFILE Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.:

export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

$PBS_O_WORKDIR Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.:

cd $PBS_O_WORKDIR

@@ Linia 19: / Linia 19: @@
 Do uruchamiania zadań służy komenda <tt>qsub</tt>. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków <tt>#PBS</tt>. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy <tt>qsub</tt> zawiera poniższa tabela.
 {| class="wikitable"
-! width=5% |Opcja     !!width=19%|Parametry !! width="50%" |Opis !!Uwagi
+! width=5% |Opcja     !!width=20%|Parametry !! width="50%" |Opis !!Uwagi
 |-
 | <tt>-l</tt> || || Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka. ||
@@ Linia 26: / Linia 26: @@
 |-
 | || <tt>ppn=<liczba rdzeni></tt> || Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle || opcja niedostępna na maszynie [[Baribal]]
-|-
-| || <tt>mem=<żądana pamięć></tt> || Pamięć wymagana do obliczeń ||
 |-
 | || <tt>walltime=<czas obliczeń></tt> || Maksymalny czas obliczeń. Czas należy podawać w formacie DD:GG:MM:SS gdzie DD, GG, MM, SS oznaczają odpowiednio żądaną liczbę dni, godzin, minut i sekund na zadanie. ||
@@ Linia 36: / Linia 34: @@
 |-
 | <tt>-m</tt> || <tt>b</tt>, <tt>e</tt> lub <tt>a</tt> || System kolejkowy wyśle e-mail do użytkownika jeśli zadanie rozpocznie się wykonywać <tt>b</tt>, skończy wykonywać <tt>e</tt> lub zostanie przerwane <tt>a</tt>.
+|-
+| <tt>-M</tt> || <tt><adres@e-mail.użytkownika></tt> || Adres e-mail użytkownika na który ma zostać wysłana wiadomość o stanie zadania ||
 |-
 | <tt>-q</tt> || <tt><nazwa_kolejki></tt> || Specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie  ||
@@ Linia 45: / Linia 45: @@
 ===Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach===
-Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda <tt>qstat</tt>.
+Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda <tt>qstat</tt>. Wywołanie komendy bez parametrów spowoduje wyświetlenie informacji o wszystkich zadaniach w kolejkach. Najczęściej używane opcje komendy <tt>qstat</tt> zebrano w tabeli poniżej.
+{| class="wikitable"
+! width=20% |Opcja     !!width=20%|Parametry !! width="50%" |Opis !!Uwagi
+|-
+| <tt>-q</tt> || <tt><nazwa_kolejki></tt>|| Bez parametrów wyświetla informacje o dostępnych kolejkach i ich parametrach. ||
+|-
+| <tt>-u </tt> || <tt><nazwa_użytkownika></tt> || Wyświetla informacje o zadaniach danego użytkownika. ||
+|-
+| <tt><identyfikator zadania></tt> || || Wyświetla informacje o danym zadaniu. ||
+|-
+| <tt>-f</tt> || || Pełna informacj o wszystkich zadaniach systemu kolejkowego. ||
+|}
 ===Usuwanie zadań===
 Do usuwania zadań służy komenda <tt>qdel</tt>. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą <tt>qstat</tt>. Cała sekwencja może wyglądać następująco: