Zeus:NAMD: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
 
Linia 29: Linia 29:
  
 
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
 
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
module add <pakiet/wersja>
+
module add namd
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
Linia 52: Linia 52:
  
 
# uruchomienie zadania
 
# uruchomienie zadania
<<NAZWA_BINARKI>> <opcje, pliki>  
+
runnamd <plik-konfiguracyjny>
  
 
# Zachowanie wynikow dzialania programu
 
# Zachowanie wynikow dzialania programu

Aktualna wersja na dzień 11:18, 30 sty 2012

Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.

NAMD 2.7b2

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł namd

 module add namd

Program uruchamiamy poleceniem

runnamd <plik-konfiguracyjny>

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
module add namd

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania
runnamd <plik-konfiguracyjny>

# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR


Wersja równoległa