Podstawy

Logowanie

Serwery dostępowe maszyn obliczeniowych dopuszczają jedynie bezpieczne połączenia, dlatego można zalogować się na nie oraz przesyłać pliki, jedynie z wykorzystaniem protokołu SSH. W tym celu można wykorzystać programy slogin, ssh, scp (UNIX/Linux) lub Putty, WinSCP (Windows). Ponadto jeśli planowane jest wykorzystanie programów w wersji okienkowej, niezbędna jest obecność klienta XWindow na komputerze, z którego loguje się użytkownik. W systemach UNIX/Linux wersja XWindow jest zwykle zainstalowana i dostępna dla użytkownika. Systemy Windows nie posiadają serwera XWindow dlatego należy takowy zainstalować. Polecamy instalację darmowego serwera Xów: XMing (http://sourceforge.net/projects/xming).

Logowanie z systemu UNIX/Linux

ssh <nazwa_maszyny_dostępowej>

lub

ssh -l login <nazwa_maszyny_dostępowej> 

Logowanie z systemu Windows

Otwieramy program Putty i w polu Host Name okna głównego wpisujemy nazwę maszyny dostępowej i potwierszamy klawiszem "Open". Następnie wpisujemy login i hasło.

Podstawy obsługi systemu kolejkowego

System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia, wykonywania danego zadania, na wskazany adres e-mail.

Uruchamianie zadań

Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.

Opcja	Parametry	Opis	Uwagi
-l		Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka.
	nodes=<liczba_węzłów>	Parametr służy do specyfikacji liczby wezłów
	ppn=<liczba rdzeni>	Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle	opcja niedostępna na maszynie Baribal
	mem=<żądana pamięć>	Pamięć wymagana do obliczeń
	walltime=<czas obliczeń>	Maksymalny czas obliczeń. Czas należy podawać w formacie DD:GG:MM:SS gdzie DD, GG, MM, SS oznaczają odpowiednio żądaną liczbę dni, godzin, minut i sekund na zadanie.
-N	<nazwa_zadania>	Nazwa zadania w systemie kolejkowym
-j	oe	Połączenie standardowego wyjścia ze standardowym wyjściem błędów podczas wykonywania obliczeń
-m	, <e> lub <a>	System kolejkowy wyśle e-mail do użytkownika jeśli zadanie rozpocznie się wykonywać b, skończy wykonywać e lub zostanie przerwane a.
-q	<nazwa_kolejki>	Specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie
-I		uruchomienie zadania intraktywnego
-X		w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych	opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars

Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach

Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat.

Usuwanie zadań

Do usuwania zadań służy komenda qdel. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą qstat. Cała sekwencja może wyglądać następująco:

qdel 12345678910

Przydatne zmienne systemu kolejkowego

• $PBS_NODEFILE Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.:

export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

• $PBS_O_WORKDIR Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.:

cd $PBS_O_WORKDIR

Ogólne zalecenia dotyczące obliczeń

Szybkość wykonywania obliczeń zależy od szeregu czynników.

Informacje szczegółowe

Baribal Mars Zeus