Zeus:Podstawy
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Wersja z dnia 09:41, 1 mar 2017 autorstwa Jacek (dyskusja | edycje) (→Zasoby dyskowe: Info o zeus-fs)
Spis treści
Nazwa maszyny dostępowej
zeus.cyfronet.pl
lub ui.cyfronet.pl (możliwe są też kombinacje domen Cyfronetu: zeus.cyf-kr.edu.pl, zeus.cyfronet.krakow.pl)
Zasoby dyskowe
| Lokalizacja | Limit | Przeznaczenie | Sposób dostępu |
Kopia bezpieczeństwa |
Możliwość wykonywania intensywnych zapisów i/lub odczytów |
Uwagi |
|---|---|---|---|---|---|---|
| $HOME | 7GB | katalog domowy użytkownika | NFS | tak | nie | |
| $STORAGE | 100GB | składowanie danych użytkownika | GPFS | nie | nie | |
| $SCRATCH | brak limitu | przestrzeń dla plików tymczasowych zadań | Lustre | nie | tak | dane starsze niż 30 dni będą usuwane automatycznie |
| $PLG_GROUPS_SHARED/nazwa_zespołu $PLG_GROUPS_STORAGE/nazwa_zespołu |
suma grantów | przestrzeń dla katalogów zespołów (PL-Grid) | Lustre | nie | nie |
Użytkownik klastra może sprawdzić użycie przydzielonych mu zasobów dyskowych poleceniem zeus-fs.
Dostępne oprogramowanie
Opis dostępnego oprogramowania znajduje się tutaj.
Uruchamianie zadań
System kolejkowy: Torque
Zarządca zasobów: Moab
W celu uruchomienia zadania niezbędna jest wiedza na temat podstawowych komend systemu kolejkowego.
Opis kolejek
| Nazwa kolejki | Maksymalna liczba zadań użytkownika |
Maksymalny czas trwania zadania |
Maksymalna ilość rdzeni dla użytkownika |
Dodatkowe informacje |
|---|---|---|---|---|
| l_test | 3 | 15 minut | 100 | kolejka do testów działania zadania |
| l_prio | 40 | 1 godzina | 50 | kolejka przeznaczona dla krótkich zadań, które powinny się szybko policzyć |
| l_short | 1000 | 3 godziny | 2048 | |
| l_long | 500 | 2 tygodnie | 2048 | |
| l_infinite | 30 | 90 dni | 2048 | |
| l_exclusive | 700 | 2 tygodnie | 2048 | kolejka tylko dla zadan rownoległych z ppn=12 |
| l_bigmem | - | 1 tydzień | 72 | dostęp limitowany |
| l_interactive | 3 | 72 godziny | 72 | kolejka do pracy interaktywnej |
| plgrid-testing | 1 | 1 godzina | 12 | |
| plgrid | 700 | 72 godziny | 1024 | |
| plgrid-long | 1000 | 168 godzin | 1024 |
Uwaga: Limity kolejek mogą zostać zmienione przez administratorów. Aktualne limity kolejek można sprawdzić komendą qstat -Q -f <nazwa_kolejki>
Opis właściwości węzłów obliczeniowych
| Właściwość | Opis |
|---|---|
| E5645, X5650, opteron6276 | model procesora |
| intel, amd | producent procesora |
| mhz2667 | szybkość procesora |
| mem16gb, mem24gb | ilość pamięci RAM w serwerze obliczeniowym |
| core8, core12, core64 | ilość rdzeni w serwerze obliczeniowym |
| ib_ql | sieć Inifniband firmy Qlogic |
| ib_mlx | sieć Infiniband firmy Mellanox |
| infiniband | serwer obliczeniowy z siecią Infiniband |
Zasady obowiązujące na klastrze Zeus
- obliczenia wykonywane na maszynie dostępowej będą usuwane bez ostrzeżenia
- obliczenia z intensywnym wykorzystywaniem /people/[login] lub /storage/[login] będą usuwane bez ostrzeżenia
- obliczenia wykraczające poza zakres deklarowanego tematu badań zużywające znaczną część zasobów klastra będą usuwane bez ostrzeżenia
- uruchamianie benchmarków bez uprzedniego kontaktu z administratorami jest niedozwolone
- po pięciu nieudanych próbach zalogowania adres IP "atakującego" jest blokowany na 30 minut
- logowanie za pomocą kluczy SSH jest zablokowane
- prosimy uzywac oprogramowania ssh-agent do inicjalizacji kluczy z hasłem w celu połączenia z innymi maszynami
- prywatne klucze SSH nie posiadające haseł zabezpieczających będą usuwane bez ostrzeżenia
- w celu wykonywania obliczeń niezbędne jest podanie identyfikatora grantu za pomocą parametru "-A". Szczegółowy opis grantów znajduje się tutaj.
- w ramach grantu osobistego w jednym zadaniu można użyć 96 rdzeni obliczeniowych
- w celu skompilowania programu proszę użyć polecenia:
qsub -I -q l_interactive -l nodes=1:ppn=1
Polecenie to spowoduje zalogowanie użytkownika na węzeł obliczeniowy, tam proszę uruchomić kompilację programu