CFOUR

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add cfour

Domyślna wersja to 1.0.

Program uruchamiany jest poleceniem xcfour.

1.0

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł cfour lub cfour/1.0

 module add cfour/1.0

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module load cfour/1.0

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
xcfour  >& output.log

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym

# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module load cfour/1.0

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
xcfour  >& output.log