VASP

Spis treści

1 Opis aplikacji
2 Wersje na maszynach Cyfronetu
3 Ograniczenia licencyjne
4 Zalecenia ogólne
5 Sposób uruchamiania
- 5.1 Przykładowe skrypty wersji 5.3.3
  - 5.1.1 PBS
  - 5.1.2 QCG

Opis aplikacji

Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) jest programem umożliwiającym modelowanie materiałów na poziomie atomowym poprzez obliczanie struktury elektronowej oraz symulacje dynamiki molekularnej.

Strona producenta: https://www.vasp.at
Dokumentacja producenta: https://www.vasp.at/index.php/documentation
Inna dokumentacja: http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal	Panda	Mars	Zeus	Zeus vSMP	Zeus GPGPU
			4.6 <br\> 5.3.3

Ograniczenia licencyjne

Wersja	Ilość licencji	Typ licencji	Informacje dodatkowe
4.6	-	indywidualne grupy badawcze
5.3.3	-	indywidualne grupy badawcze	Wyłącznie na procesory AMD

Uwaga: VASP zainstalowany na komputerach w ACK Cyfronet AGH jest dostępny jedynie dla grup badawczych posiadających własne licencje na to oprogramowanie. W celu otrzymania dostępu do oprogramowania należy skontakotwać się z Helpdeskiem PL-Grid (https://helpdesk.plgrid.pl/ lub helpdesk@plgrid.pl)

Zalecenia ogólne

Aby uruchamiać program VASP łatwiej została stworzona zmienna $VASP_RUN, która zawiera automatyczne wykonywanie programu VASP w trybie OpenMPI. Przykładowo dla poniższych skryptów zmienna ta będzie wyglądała:

mpiexec -n 4 --bind-to-core /software/local/el6/AMD/vasp5/5.3.3/vasp

Do używania programu VASP5 wymagany jest dostęp do procesorów AMD oraz ich specyfikacja dla wymagań w systemie kolejkowym.

Sposób uruchamiania

Przykładowe skrypty wersji 5.3.3

PBS

#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -A nazwaGrantu
#PBS -l nodes=1:ppn=4:amd
#PBS -l mem=4gb
#PBS -q plgrid
#PBS -e results.err
#PBS -o results.out
#PBS -m abe
#PBS -M moj@adres.email


# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# wejscie do katalogu z ktorego zostalo uruchomione polecenie qsub i w ktorym znajduje się skrypt PBS oraz pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

QCG

#!/bin/bash

#QCG note=VASP test
#QCG name=test
#QCG grant=nazwaGrantu

#QCG host=zeus.cyfronet.pl
#QCG nodes=1:4:4
#QCG properties=amd
#QCG memory=4096
#QCG queue=plgrid

#QCG stage-in-file=INCAR
#QCG stage-in-file=KPOINTS
#QCG stage-in-file=POSCAR	
#QCG stage-in-file=POTCAR
#QCG stage-out-file=results.txt
#QCG stage-out-dir=. -> results
#QCG output=output.txt

# zaladowanie modulu
module load el6/apps/vasp5/5.3.3

# uruchomienie vaspa
$VASP_RUN

Zeus