Amber

Opis aplikacji

Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest zbiorem programów umożliwiających przeprowadzanie symulacji układów molekularnych. W skład pakietu wchodzi pole siłowe Amber stosowane w symulacjach biomolekuł i programy symulacyjne oraz narzędziowe pogrupowane w dwie paczki: Amber oraz AmberTools12.

Strona producenta: http://ambermd.org/
Dokumentacja producenta: http://ambermd.org/doc12/

W skład pakietu Amber wchodzi około 50 programów, sposród których podstawowe to:

• sander (Simulated annealing with NMR-derived energy restraints) - jest to podstawowy program do przeprowadzania symulacji.
• pmemd - zmodyfikowana wersja programu sander zoptymalizowana m.in. do obliczeń układów periodycznych. Jest szybszy od programu sander oraz efektywniej się zrównolegla. Dostępna jest również wersja umożliwiająca obliczenia na GPGPU (dostępna na Zeus GPGPU)
• NAB - program umożliwiający symulacje mechaniki molekularnej lub modelowania opartego na odległościach i geometriach składników. Może służyć do badania oddziaływań białko-lingand.
• LEaP - intefejs graficzny służący do przygotowania plików początkowych symulacji
• antechamber - program ułatwiający przez automatyzacje przygotowanie pól siłowych dla większości cząsteczek organicznych.
• ptraj oraz cpptraj - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD
• mm_pbsa oraz mmpbsa.py - skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki.

W skład AmberTools12 wchodzą

• NAB - program służący do budowania cząsteczek oraz przeprowadzania symulacji przy wykorzystaniu różnych modeli rozpuszczalnika
• antechamber oraz MCPB - narzędzie tworzące pola siłowe dla cząsteczek organicznych oraz centrów metalicznych
• tleap - narzędzie do przygotowywania symulacji przy użyciu pakietu Amber
• sqm - program używający metod półempirycznych chemii kwantowej oraz DFTB
• pbsa - narzędzie obliczające numeryczne rozwiązania dla modeli Poissona-Boltzmanna
• 3D-RISM - program stosujący różnorakie metody do opisu rozpuszczalników
• mdgx - narzędzie do symulacji dynamiki molekularnej z jawnym zastosowaniem cząsteczek rozpuszczalnika
• ptraj oraz cpptraj - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD
• MMPBSA.py oraz amberlite- skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki.

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal	Panda	Mars	Zeus	Zeus vSMP	Zeus GPGPU
			11 11-ib 11-abertools12		11

Ograniczenia licencyjne

Wersja	Ilość licencji	Typ licencji
wszystkie	-	akademicka

Szczegóły

• Pola siłowe Amber umieszczono w domenie publicznej,
• Pakiet AmberTools udostępniany jest w postaci kodu źródłowego. Większość programów i kodów udostępniana jest na wolnej licencji GNU GPL v.3. Wyjątkami są wyjątkiem programy i biblioteki: lapak i blas (domena publiczna), netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
• Pakiet Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", której wersje akademicką posiada ACK Cyfronet AGH. Dostępna w nim biblioteka "rmsd" jest udostępniana na licencji GNU GPL.

Sposób uruchamiania

Zeus
Zeus GPGPU