NAMD
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.
NAMD 2.7b2
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł namd
module add namd
Program uruchamiamy poleceniem
runnamd <plik-konfiguracyjny>
Przykładowy skrypt
Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
module add namd
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
exit
fi
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR
# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR
# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR
# uruchomienie zadania
runnamd <plik-konfiguracyjny>
# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR
#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR