LAMMPS

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet LAMMPS w wersjach 30Sep11 oraz 26Oct12.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add lammps

Domyślna wersja to 26Oct12.

Program uruchamiany jest poleceniem .

30Sep11

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł lammps/30Sep11

 module add lammps/30Sep11

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie LAMMPS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu LAMMPS w wersji 30Sep11
module add lammps/30Sep11

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
lmp_zeus < input.in >& output.log

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie LAMMPS będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu LAMMPS w wersji 30Sep11
module add lammps/30Sep11

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#zliczenie ilosci procesorow dostepnych dla zadania
export np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
mpiexec -np $np lmp_zeus <input.in >& output.log

26Oct12

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł lammps lub lammps/26Oct12

 module add lammps

lub

 module add lammps/26Oct12

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie LAMMPS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu LAMMPS w wersji 26Oct12
module add lammps/26Oct12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
lmp_zeus < input.in >& output.log

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie LAMMPS będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu LAMMPS w wersji 26Oct12
module add lammps/26Oct12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#zliczenie ilosci procesorow dostepnych dla zadania
export np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
mpiexec -np $np lmp_zeus <input.in >& output.log