NAMD: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(Utworzył nową stronę „==Opis aplikacji== Pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM. Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> Dokumentacja producenta: ...”) |
(dodanie informacji o wymaganym infinibandzie) |
||
(Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez jednego użytkownika) | |||
Linia 1: | Linia 1: | ||
==Opis aplikacji== | ==Opis aplikacji== | ||
− | + | NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM. | |
+ | '''ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband''' | ||
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> | Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> | ||
Linia 21: | Linia 22: | ||
| | | | ||
| | | | ||
− | |[[Zeus:NAMD| | + | |[[Zeus:NAMD|2.7b2]] |
| | | | ||
| | | | ||
Linia 30: | Linia 31: | ||
!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji | !Wersja || Ilość licencji || Typ licencji | ||
|- align="center" | |- align="center" | ||
− | | - || | + | | - || - || - |
|} | |} | ||
Linia 38: | Linia 39: | ||
==Sposób uruchamiania== | ==Sposób uruchamiania== | ||
− | [[Zeus: | + | [[Zeus:NAMD|Zeus]] |
Mars | Mars |
Aktualna wersja na dzień 09:20, 8 lis 2012
Spis treści
Opis aplikacji
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.
ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Dokumentacja producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/
Inna dokumentacja:
Wersje na maszynach Cyfronetu
Baribal | Panda | Mars | Zeus | Zeus GPGPU | Zeus vSMP |
---|---|---|---|---|---|
2.7b2 |
Ograniczenia licencyjne
Wersja | Ilość licencji | Typ licencji |
---|---|---|
- | - | - |
Zalecenia ogólne
Sposób uruchamiania
Zeus Mars