NAMD: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(Utworzył nową stronę „==Opis aplikacji== Pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM. Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> Dokumentacja producenta: ...”)
 
(dodanie informacji o wymaganym infinibandzie)
 
(Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez jednego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
==Opis aplikacji==
 
==Opis aplikacji==
  
Pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.  
+
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics)  jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.  
  
 +
'''ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband'''
  
 
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br>
 
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br>
Linia 21: Linia 22:
 
|
 
|
 
|
 
|
|[[Zeus:NAMD|G03(E.01)]], [[G09(A.02)]]
+
|[[Zeus:NAMD|2.7b2]]
 
|
 
|
 
|
 
|
Linia 30: Linia 31:
 
!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji  
 
!Wersja || Ilość licencji || Typ licencji  
 
|-  align="center"
 
|-  align="center"
| - || bez ograniczeń || -  
+
| - || - || -  
 
|}
 
|}
  
Linia 38: Linia 39:
 
==Sposób uruchamiania==
 
==Sposób uruchamiania==
  
[[Zeus:nazwa_oprogramowania|Zeus]]
+
[[Zeus:NAMD|Zeus]]
 
Mars
 
Mars

Aktualna wersja na dzień 09:20, 8 lis 2012

Opis aplikacji

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.

ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband

Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Dokumentacja producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/
Inna dokumentacja:

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal Panda Mars Zeus Zeus GPGPU Zeus vSMP
2.7b2

Ograniczenia licencyjne

Wersja Ilość licencji Typ licencji
- - -

Zalecenia ogólne

Sposób uruchamiania

Zeus Mars