NAMD
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Spis treści
Opis aplikacji
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.
ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Dokumentacja producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/
Inna dokumentacja:
Wersje na maszynach Cyfronetu
| Baribal | Panda | Mars | Zeus | Zeus GPGPU | Zeus vSMP |
|---|---|---|---|---|---|
| 2.7b2 |
Ograniczenia licencyjne
| Wersja | Ilość licencji | Typ licencji |
|---|---|---|
| - | - | - |
Zalecenia ogólne
Sposób uruchamiania
Zeus Mars