NAMD: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(dodanie informacji o wymaganym infinibandzie) |
|||
| (Nie pokazano 2 wersji utworzonych przez jednego użytkownika) | |||
| Linia 3: | Linia 3: | ||
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM. | NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM. | ||
| + | '''ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband''' | ||
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> | Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd <br> | ||
| Linia 21: | Linia 22: | ||
| | | | ||
| | | | ||
| − | |[[Zeus:NAMD]] | + | |[[Zeus:NAMD|2.7b2]] |
| | | | ||
| | | | ||
| Linia 38: | Linia 39: | ||
==Sposób uruchamiania== | ==Sposób uruchamiania== | ||
| − | [[Zeus: | + | [[Zeus:NAMD|Zeus]] |
Mars | Mars | ||
Aktualna wersja na dzień 09:20, 8 lis 2012
Spis treści
Opis aplikacji
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) jest to pakiet do symulacji dynamiki molekularnej metodami MM.
ABY UŻYWAĆ NAMD NA KLASTRZE ZEUS NALEŻY WYSPECYFIKOWAĆ DOSTĘP DO INFINIBAND POPRZEZ KOMENDĘ PBS infiniband, np.: -l nodes=2:ppn=2:infiniband
Strona producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Dokumentacja producenta: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/
Inna dokumentacja:
Wersje na maszynach Cyfronetu
| Baribal | Panda | Mars | Zeus | Zeus GPGPU | Zeus vSMP |
|---|---|---|---|---|---|
| 2.7b2 |
Ograniczenia licencyjne
| Wersja | Ilość licencji | Typ licencji |
|---|---|---|
| - | - | - |
Zalecenia ogólne
Sposób uruchamiania
Zeus Mars