Prometheus:Podstawy

Logowanie

Dostęp do klastra Prometheus realizowany jest za pośrednictwem maszyny dostępowej:

prometheus.cyfronet.pl

np.

ssh plgtestowy@prometheus.cyfronet.pl

Możliwe jest także użycie krótszego aliasu pro.cyfronet.pl.

Logowanie na maszynę dostępową możliwe jest poprzez SSH.

Dostępne oprogramowanie

Opis dostępnego oprogramowania znajduje się tutaj.

Dostęp do oprogramowania realizoway jest za pomocą narzędzia Lmod.

Partycje

Odpowiednikiem kolejek PBS dla systemu SLURM są partycje. Prometheus posiada aktualnie następujące partycje:

Nazwa partycji	Zasoby	Maksymalny czas trwania zadania	Informacje
red	576 węzłów (13824 CPU)	Inf	Partycja domyślna, pierwsza wyspa
green	576 węzłów (13824 CPU)	Inf	Druga wyspa
blue	576 węzłów (13824 CPU)	Inf	Trzecia wyspa
plgrid	288 węzłów (6912 CPU)	72:00:00	Partycja dla infrastruktury PL-Grid (aktualnie jedyna dostępna dla użytkowników)
all	1728 węzłów (41472 CPU)	Inf	Zbiór wszystkich węzłów Prometheusa

Dokładne informacje na temat partycji można otrzymać przy pomocy polecenia

scontrol show partition [<nazwa_partycji>]

Uwagi:

• Aktualnie dla użytkowników udostępniona jest wyłącznie partycja plgrid
• Zadania nieprzekraczające rozmiaru wyspy obliczeniowej powinny być uruchamiane w ramach partycji wyspy. Zlecanie obliczeń w partycji all powoduje potencjalne rozbicie zadania pomiędzy wyspami obliczeniowymi, co skutkuje obniżeniem efektywności obliczeń.

Zasoby dyskowe

Lokalizacja	Limit danych	Limit liczby plików	Przeznaczenie	Sposób dostępu	Przepustowość	Pojemność	Kopia bezpieczeństwa	Możliwość wykonywania intensywnych zapisów i/lub odczytów	Uwagi
$HOME	40 GB	1 000 000	katalog domowy użytkownika	NFS	1 GB/s	∞	tak	nie
$SCRATCH	100 TB	1 000 000	przestrzeń dla plików tymczasowych zadań	Lustre	120 GB/s	5 PB	nie	tak	dane starsze niż 30 dni będą usuwane automatycznie
$PLG_GROUPS_STORAGE/nazwa_zespołu	suma grantów		przestrzeń dla katalogów zespołów (PL-Grid)	Lustre	30 GB/s	2,5 PB	nie	nie

Zmienne środowiskowe

Osobiste:

• $HOME, $PLG_USER_STORAGE, np. '/people/plgtestowy' - wskazuje na katalog domowy
• $PLG_USER_SCRATCH_SHARED, $SCRATCH np. '/net/scratch/people/plgtestowy/' - scratch dla użytkownika - tu należy trzymać dane podczas obliczeń

Zespołowe (do nich należy dodać nazwę zespołu):

• PLG_GROUPS_STORAGE, PLG_GROUPS_SHARED, np. '/net/archive/groups' - wskazuje na katalog do składowania danych zespołów (dane wejściowe, wyjściowe, wymiana danych pomiędzy osobami)

Uruchamianie zadań

Zlecanie zadań na klastrze Prometheus odbywa się poprzez system kolejkowy SLURM.

Zadanie może być zlecone zarówno w trybie wsadowym jak i w trybie interaktywnym.

Przed uruchomieniem zadań zapoznaj się z informacjami o systemie grantów

Tryb wsadowy

Do zlecania zadania w trybie wsadowym służy komenda sbatch. Użycie komendy: sbatch skrypt.sh

Przykładowy skrypt:

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J ADFtestjob
## Liczba węzłów
#SBATCH -N 2
## Maksymalna liczba zadań w zleceniu (domyślnie ilość rdzeni)
#SBATCH -n 48
## Ilość zadań na węzeł
#SBATCH --ntasks-per-node=24
## Maksymalna ilość zużytej pamięci na węzeł (w MB)
#SBATCH --mem 24000
## Maksymalny czas trwania zlecenia
#SBATCH --time=20:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A testgrant
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p blue
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="adf.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="adf.err"
## Typ powiadomień e-mail
#SBATCH --mail-type=ALL
## E-mail na który wysłać powiadomienia 
#SBATCH --mail-user=user@example.com

## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

srun /bin/hostname
module load apps/adf/2014.07 
adf input.adf

Tryb interaktywny

Do zlecania zadań w trybie interaktywnym z powłoką służy komenda (przykład): srun -p plgrid -N 2 --ntasks-per-node=24 -n 48 -A grant_id --pty /bin/bash -l Powyższa komenda uruchomi zadanie na 2 węzłach i 48 rdzeniach (24 rdzenie na węzeł).

Samo polecenie srun odpowiada za uruchomienie komendy w ramach zaalokowanych zasobów.
Jednak w przypadku, gdy zasoby nie zostały wcześniej zaalokowane, komenda ta uprzednio dokonuje ich rezerwacji tuż przed uruchomieniem obliczeń.

Uwaga: Wszelkie informacje na temat komend SLURMa można znaleźć w manualu, np.: man sbatch

Monitorowanie kolejek, partycji, węzłów, zadań i zasobów

• Sktypty specyficzne dla Prometheusa

  • pro-jobs - statystyki dla uruchomionych zadań użytkownika
  • pro-jobs-history - statystyki dla zakończonych zadań użytkownika
  • pro-fs - statystyki użycia zasobów dyskowych przez użytkownika

• Narzędzia systemu SLURM

  • squeue - lista aktualnie zakolejkowanych/uruchomionych zadań
  • scontrol show job [<ID_zadania>] - szczegóły zadania
  • sstat -a -j ID_zadania/ID_zadania.batch - zużycie zasobów w ramach kroków (step) działającego zadania
  • sacct - zużycie zasobów zakończonego już zadania/kroku
  • scontrol show partition [<nazwa_partycji>] - właściwości partycji
  • sinfo - lista węzłów
  • scontrol show node [<nazwa_węzła>] - właściwości węzła

Przenoszenie danych z klastra Zeus

Klastry Zeus i Prometheus nie współdzielą żadnych zasobów dyskowych, w związku z tym, aby korzystać z danych zgromadzonych na Zeusie, należy je najpierw skopiować. W tym celu możemy posłużyć się komendami:

• scp - w przypadku małych plików (używa loginu i hasła),
• globus-url-copy - w przypadku dużych plików (używa loginu i hasła LUB grid proxy),
• uberftp - w przypadku dużych plików, interaktywnie (używa grid proxy).

Podstawowe informacje o komendzie globus-url-copy:

• składnia: globus-url-copy ŻRÓDŁO CEL, gdzie źródło i cel poprzedzone są nazwą protokołu: np. file://,
• aby pobrać pliki z zeusa używamy 2 protokołów:
  • gsiftp - gsiftp://zeus.cyfronet.pl/ - uwierzytelnianie za pomocą proxy (musimy najpierw stworzyć grid proxy komendą grid-proxy-init),
  • sshftp - sshftp://zeus.cyfronet.pl/ - uwierzytelnianie hasłem PLGrid,
• uwierzytelnianie proxy pozwala uruchamiać wiele transferów bez podawania hasła za każdym razem,
• protokół docelowy to file:// czyli plik/katalog lokalny,
• dla ŻRÓDŁA i CELU musimy podać pełną ścieżkę pliku lub możemy użyć skrótu w postaci ~plgLOGIN do naszego katalogu domowego,
• dla CELU (czyli protokołu file://) możemy podać też zmienne środowiskowe np. $PWD - bieżący katalog,
• w przypadku CELU gdy podamy nazwę pliku np. $PWD/nazwa.txt, plik zapisze się pod daną nazwą, a gdy podamy tylko katalog, to plik zapisze się pod taką samą nazwą jak źródłowy,
• aby przesyłać całe katalogi, należy je najpierw spakować komendą tar -czf archiwum.tar katalog,
• w przypadku gdy nasz login na klastrze Prometheus różni się od tego na klastrze Zeus możemy użyć wyłącznie protokołu "sshftp://" a do ŹRÓDŁA należy dodać login na klastrze Zeus np. sshftp://MOJ_USERNAME@zeus.cyfronet.pl/.

Przykład użycia komendy globus-url-copy:

• skopiuj z katalogu domowego użytkownika plgLOGIN na klastrze Zeus, do bieżącego katalogu plik "bigfile.txt" i nadaj mu tą samą nazwę:

globus-url-copy sshftp://zeus.cyfronet.pl/~plgLOGIN/bigfile.txt file://$PWD/

• skopiuj plik "/mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt" z klastara Zeus do bieżącego katalogu:

globus-url-copy sshftp://zeus.cyfronet.pl//mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt file://$PWD/

• j.w. ale z podanym loginem z klastra Zeus (domyślnie używany jest taki sam użytkownik na jakiego jesteśmy zalogowani)

globus-url-copy sshftp://MOJ_USERNAME@zeus.cyfronet.pl//mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt file://$PWD/

Odnośniki do dodatkowych pomocy/dokumentacji:

• scp:
  • http://linux.die.net/man/1/scp
• globus-url-copy:
  • http://linux.die.net/man/1/globus-url-copy
  • http://toolkit.globus.org/toolkit/docs/4.0/data/gridftp/rn01re01.html
• uberftp:
  • http://linux.die.net/man/1/uberftp
  • https://twiki.opensciencegrid.org/bin/view/Documentation/StorageUberFtp
• grid-proxy-init
  • http://linux.die.net/man/1/grid-proxy-init
  • http://toolkit.globus.org/toolkit/docs/4.0/security/prewsaa/rn01re05.html

Zasady obowiązujące na klastrze Prometheus

• obliczenia wykonywane na maszynie dostępowej będą usuwane bez ostrzeżenia
• obliczenia wykraczające poza zakres deklarowanego tematu badań zużywające znaczną część zasobów klastra będą usuwane bez ostrzeżenia
• W celu skompilowania programu proszę użyć polecenia: srun -p plgrid -A grant_id -n 1 --pty /bin/bash -l
  Polecenie to spowoduje zalogowanie użytkownika na węzeł obliczeniowy, tam proszę uruchomić kompilację programu
• Dane obliczeniowe należy składować i przetwarzać na systemie plików Lustre pod lokalizacją $SCRATCH
• W obliczeniach nie należy korzystać z katalogu /tmp ani ze zmiennych $TMP lub $TMPDIR, zamiast tego prosimy o używanie zmiennej $SCRATCH

Kontakt

Pomoc dla użytkowników PL-Grid: mailto:helpdesk@plgrid.pl
Kontakt z administratorami: mailto:prometheus@cyfronet.pl, +48 12 632 33 55 w. 603.