Podstawy

Uzyskiwanie konta

Konta użytkownika na maszynach obliczeniowych ACK Cyfronet AGH można uzyskać po zapoznaniu się z regulaminami użytkowania maszyn oraz złożeniu odpowiednich wniosków:

• Baribal
• Mars
• Panda
• Zeus

Logowanie

Serwery dostępowe maszyn obliczeniowych dopuszczają jedynie bezpieczne połączenia, dlatego można zalogować się na nie oraz przesyłać pliki, jedynie z wykorzystaniem protokołu SSH. Ponadto jeśli planowane jest wykorzystanie programów w wersji graficznej, niezbędna jest obecność klienta XWindow na komputerze, z którego loguje się użytkownik.

• Logowanie z systemu UNIX/Linux/MacOS X

• Logowanie z systemu Windows

Podstawy obsługi systemu kolejkowego

Zasoby dyskowe

Zasoby dyskowe dołączone do Komputerów Dużej Mocy w Cyfronecie podzielone są na trzy główne rodzaje:

• katalogi domowe użytkowników
• zasoby do składowania danych
• zasoby tymczasowe, przeznaczone do przeprowadzania obliczeń

Każdy typ zasobu dyskowego umieszczony jest na innym sprzęcie i charakteryzuje się skrajnie różnymi parametrami szybkości, pojemności oraz poziomu bezpieczeństwa danych, dlatego niezmiernie ważne jest odpowiednie dobieranie typu zasobu do przeznaczenia zapisywanego nań pliku.

Quota

Większość zasobów posiada ustawioną tzw. kwotę dyskową (ang. quota), która limituje maksymalne użycie przestrzeni dyskowej oraz liczby plików przez użytkownika. Aktualnie przyznaną kwotą oraz jej użycie można zobaczyć za pomocą polecenia quota -s.

Katalogi domowe

Katalog domowy (home) charakteryzuje się małą przestrzenią i stosunkowo niską wydajnością, za to wszystkie pliki z katalogów domowych posiadają regularnie tworzone kopie zapasowe. Katalog domowy służy głównie jako magazyn małych plików, czy też prywatnego oprogramowania użytkownika (programy, skrypty, narzędzia, itp.).

Składowanie danych

Katalogi składowania danych (storage) charakteryzują się stosunkowo dużą przestrzenią, średnią wydajnością oraz dobrym bezpieczeństwem danych i zabezpieczeniem przed omyłkowym skasowaniem plików, realizowanym za pomocą tzw. kopii migawkowych (ang. snapshot). Przestrzeń ta służy np. do składowania wyników czy plików wejściowych, które nie muszą posiadać kopii zapasowej lub których rozmiar uniemożliwia przechowywanie ich w katalogu domowym.

Przestrzeń tymczasowa

Przestrzeń tymczasowa (scratch) to przestrzeń dyskowa dedykowana do przeprowadzania obliczeń, dostępna z wszystkich serwerów wchodzących w skład superkomputera. Charakteryzuje się bardzo wysoką wydajnością i dużą pojemnością, nie oferując jednak kopii zapasowych czy migawkowych. Służy do przechowywania danych generowanych przez aplikacje przez czas trwania obliczeń i wszystkie pliki powstałe w tym procesie powinny zostać usunięte niezwłocznie po zakończeniu zadania. Na niektórych systemach wdrożona jest polityka automatycznego usuwania bez ostrzeżenia plików starszych niż ustalona liczba dni. Przestrzeń ta jest realizowana na wiele sposobów, na klastrach Zeus i Mars poprzez system plików Lustre, natomiast na komputerach Baribal i Panda przez dedykowany zasób z macierzy dyskowej. Dodatkowo na klastrze Zeus możliwe jest wykorzystanie części dysków lokalnych zainstalowanych w węzłach obliczeniowych jako niewspółdzielonej przestrzeni tymczasowej.

Ogólne zalecenia dotyczące obliczeń

Zaleca się, tam gdzie jest to możliwe korzystanie z szybkich połączeń sieciowych (np. Infiniband) czy też szybkich dysków w trakcie wykonywania obliczeń. W przypadku programów uruchamianych na więcej niż jednym rdzeniu zalecamy wykonanie testów skalowalności. W wielu przypadkach zbyt duża liczba procesorów spowalnia całe obliczenia zamiast je przyspieszać. Zadeklarowana pamięć na obliczenia także może mieć znaczący wpływ na szybkość obliczeń. Znane są przypadki oprogramowania, które wykonuje się kilkakrotnie wolniej w przypadku zadeklarowania zbyt dużej pamięci w stosunku do problemu obliczeniowego.

Informacje szczegółowe

Szczegółowe informacje dotyczące logowania, kolejek, czy zaleceń odnośnie wykonywania obliczeń znajdują się na stronach właściwym danym maszynom. Baribal Mars Zeus