Prometheus:Basics

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Wersja z dnia 12:37, 9 sty 2019 autorstwa PNowakowski (dyskusja | edycje) (Przekład na język angielski - WIP)
Skocz do:nawigacja, szukaj


Logging in

Access to the Prometheus cluster is facilitated by the access host at: 

prometheus.cyfronet.pl

eg. 

ssh <plgtestowy>@prometheus.cyfronet.pl

You can also use the short alias pro.cyfronet.pl.

An SSH client is required for login.

Available software

A list of available software can be found at tutaj.

Access to software is provided through the Lmod tool.

Partitions

SLURM replaces PBS queues with the concept of partitions. The following paritions are currently available for Prometheus users:

Parition name Max task
duration		 Description
plgrid 72:00:00 Default partition
plgrid-testing 1:00:00 For testing and preparing computations (e.g. building applications, copying files etc.)
plgrid-short 1:00:00 For short tasks (walltime shorter than 1h); provides an increased likelihood that tasks will be rapidly scheduled for execution
plgrid-long 168:00:00 For long-duration tasks (as specified in the relevant grant)
plgrid-large 24:00:00 For tasks requiring at least 432 cores (18 full nodes); contains additional resources not available through the plgrid partition
plgrid-gpu 72:00:00 For tasks requiring GPGPU computations (note that access to GPGPU must be allowed under the relevant grant)

Further information regarding any specific partition may be obtained by running the following command:

scontrol show partition [<partition_name>]

Notes:

  • Selecting the right partition and specifying the expected execution time greatly increase the chances that your task will be quickly scheduled for execution. We recommend that tasks be preferentially submitted to partitions with short maximum execution times (e.g. plgrid-short where feasible).
  • Failing to specify a partition will cause your task to be submitted to the default partition, i.e. plgrid.
  • Tasks submitted to plgrid (or submitted without specifying a partition) may be automatically transferred to plgrid-large or plgrid-short by the queue manager, if this will cause them to be executed faster.
  • Currently, all users may access plgrid, plgrid-testing, plgrid-short and plgrid-large. Access to other partitions is regulated by grants and provided on a case-by-case basis in the course of evaluating proposed grants.
  • If you wish to access plgrid-long, this must be clearly expressed in your grant application.
  • Access to plgrid-gpu requires applying for a separate grant which is wholly dedicated to GPGPU computations.
  • plgrid-testing must not be used for large-scale computations. This partition is specifically meant for tests and other maintenance tasks (e.g. building applications, interactively copying data etc.)

Disk storage

Location Volume quota Files quota Purpose Access Throughput Pojemność Backups Support for intensive
writes and/or reads		 Availability Remarks
$HOME 40 GB 1 000 000 katalog domowy użytkownika NFS 1 GB/s ∞ yes no global
$SCRATCH 100 TB 1 000 000 storage for temporary task data Lustre 120 GB/s 5 PB no yes global data older than 30 days
will be automatically deleted
$PLG_GROUPS_STORAGE/<team_name> grant total Storage for PL-Grid team datasets Lustre 30 GB/s 2.5 PB no no global
$SCRATCH_LOCAL 512 GB ∞ local scratch storage Lustre 120 GB/s - no yes limited to single node unavailable following
completion of task;
requires -C localfs

Zmienne środowiskowe

Osobiste:

  • $HOME, $PLG_USER_STORAGE, np. '/people/plgtestowy' - wskazuje na katalog domowy
  • $PLG_USER_SCRATCH_SHARED, $SCRATCH np. '/net/scratch/people/plgtestowy/' - scratch dla użytkownika - tu należy trzymać dane podczas obliczeń

Zespołowe (do nich należy dodać nazwę zespołu):

  • PLG_GROUPS_STORAGE, PLG_GROUPS_SHARED, np. '/net/archive/groups' - wskazuje na katalog do składowania danych zespołów (dane wejściowe, wyjściowe, wymiana danych pomiędzy osobami)

Lokalna przestrzeń typu scratch

Dla obliczeń generujących bardzo dużą ilość operacji na metadanych (open/close/create/remove) możliwe jest wykorzystanie dedykowanego zasobu dyskowego typu scratch, tworzonego specjalnie na potrzeby zadania. Aby tego dokonać, podczas zlecania zadania (w momencie alokacji zasobów, tj. zanim otrzymamy numer zadania) należy podać parametr -C localfs. Przykładowo, w skrypcie wsadowym powinna znaleźć się dyrektywa: #SBATCH -C localfs

Tak zlecone zadanie będzie miało do dyspozycji nowy zasób dyskowy dostępny dla użytkownika na węzłach obliczeniowych pod zmienną środowiskową $SCRATCH_LOCAL (w formacie /localfs/<numer_zadania>). Przestrzeń $SCRATCH_LOCAL przystosowana jest szczególnie dla obliczeń na małych plikach. Każdy z węzłów zadania posiada oddzielną przestrzeń $SCRATCH_LOCAL dostępną wyłącznie na czas działania zadania.

Każdorazowo rozmiar zasobu $SCRATCH_LOCAL wynosi 512GiB na każdy zaalokowany na potrzeby zadania węzeł obliczeniowy. Prosimy o kontakt w przypadku, gdyby taka wartość okazała się niewystarczająca.

Uwaga: Katalog $SCRATCH_LOCAL dostępny jest wyłącznie na węzłach obliczeniowych zaalokowanych dla zadania i tylko na czas jego trwania. Co więcej, nie jest on współdzielony między węzłami (każdy węzeł posiada osobną przestrzeń). Po zakończeniu zadania użytkownik traci dostęp do zasobu. Jeśli dane tam przechowywane są istotne, to przed zakończeniem obliczeń powinny zostać one kopiowane do katalogu grupy ($PLG_GROUPS_STORAGE/<nazwa_zespołu>) lub ewentualnie do katalogu domowego użytkownika ($HOME).

Przestrzeń dyskowa w pamięci operacyjnej MEMFS

W celu wykorzystania pamięci RAM do przechowywania plików tymczasowych należy dodatkowo wyspecyfikować parametr "-C memfs” przy zlecaniu zadania. Przykładowo, w skrypcie wsadowym powinna znaleźć się dyrektywa: #SBATCH -C memfs

Po uruchomieniu zadania owy zasób dyskowy dostępny dla użytkownika na węzłach obliczeniowych pod zmienną środowiskową $MEMFS. Należy pamiętać, że pamięć wykorzystywana przy zapisie na MEMFS jest liczona do pamięci zarezerwowanej dla zadania a zadeklarowanej parametrem "--mem" lub "--mem-per-cpu".

Uwaga: Przy wykorzystaniu pamięci operacyjnej jako zasobu dyskowego MEMFS należy pamiętać, że:

  • metodę tą można stosować tylko dla zadań jednowęzłowych
  • należy pamiętać, że zużycie pamięci przez zadanie łącznie z pamięcią wykorzystywną w MEMFS nie może przekraczać pamięci zadeklarowanej parametrem "--mem" lub "--mem-per-cpu".
  • metodę tą można stosować jedynie gdy całościowe zapotrzebowania zadania na dyski oraz pamięć nie przekracza całości dostępnej pamięci węzła (dla normalnych węzłów Prometheusa 120GB)
  • najlepiej przeprowadzać obliczenia w trybie pełnowęzłowym.

Uruchamianie zadań

Zlecanie zadań na klastrze Prometheus odbywa się poprzez system kolejkowy SLURM.

Zadanie może być zlecone zarówno w trybie wsadowym jak i w trybie interaktywnym.

Przed uruchomieniem zadań zapoznaj się z informacjami o systemie grantów

Tryb wsadowy

Do zlecania zadania w trybie wsadowym służy komenda sbatch. Użycie komendy: sbatch skrypt.sh.
Wszystkie opcje należy poprzedzić dyrektywą #SBATCH (koniecznie ze znakiem #).
Szczegółowe informacje: man sbatch oraz sbatch --help.

Przykładowy skrypt:

UWAGA! To jest przykładowy skrypt, którego NIE NALEŻY uruchamiać. Przed jego uruchomieniem należy przeglądnąć podane opcje i dostosować je do własnych potrzeb, zmieniając m.i. nazwę grantu, nazwę partycji, czas trwania zadania, itp. 

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J ADFtestjob
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 1
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=1
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"


## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

srun /bin/hostname
module load plgrid/apps/adf/2014.07 
adf input.adf

Zadania wykorzystujące MPI

Uruchamianie zadań MPI na Prometheuszu wygląda podobnie jak uruchamianie takich zadań na innych klastrach wyposażonych w system kolejkowy SLURM integrujący się z bibliotekami MPI. W przypadku Prometheusa dostępne są różne wersje bibliotek MPI (najczęściej OpenMPI i IntelMPI) dla większości dostępnych kompilatorów. Podczas uruchamiania aplikacji proszę nie podawać explicite parametru -n lub -np system dobierze odpowiednie wartości na podstawie parametrów alokacji (umieszczonych w skrypcie startowym) i zostaną one zastosowane. W uzasadnionych przypadkach, gdzie aplikacja wymaga specyficznej konfiguracji (np. lokalne wątkowanie), można podać wspomniane parametry.

UWAGA! To jest przykładowy skrypt, którego NIE NALEŻY uruchamiać. Przed jego uruchomieniem należy przeglądnąć podane opcje i dostosować je do własnych potrzeb, zmieniając m.i. nazwę grantu, nazwę partycji, czas trwania zadania, itp. 

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J MPITest
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 2
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=24
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=5GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"

srun /bin/hostname

## Zaladowanie modulu IntelMPI
module add plgrid/tools/impi

## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

mpiexec ./calcDiff 100 50

Dobrą praktyką jest kompilowanie i uruchamianie aplikacji przy pomocy środowiska budowanego tym samym zestawem modułów. Zalecamy korzystanie z wrappera mpiexec. Wielkość alokacji, w tym przypadku 2 węzły po 24 rdzenie, przekłada się bezpośrednio na 48 tasków dostępnych dla aplikacji korzystającej z MPI. Dopuszczalne jest uruchomienie serii aplikacji MPI w jednym skrypcie, ale najczęściej, ze względu na długi czas wykonania, nie jest to optymalny sposób prowadzenia obliczeń. Niedopuszczalne jest jednoczesne uruchomienie wielu aplikacji MPI w ramach jednej alokacji, taka praktyka prowadzi do kłopotówzwiązanych z alokacją zasobów na wyłączność dla danej aplikacji.

Proste zrównoleglenie wielu niezależnych zadań

Dość częstym przypadkiem użycia klastra jest przetworzenie wielu paczek danych, gdzie każda paczka jest przetwarzana niezależnie. Dobrym przykładem takich zadań jest przetwarzanie wielu obrazów w ten sam sposób. SLURM umożliwia proste zrównoleglenie takiego przetwarzania poprzez użycie komendy srun. Przykładowy skrypt, który zrównolegli uruchomienie wielu instancji obliczeń, gdzie stopień równoległości jest ustalany na podstawie parametrów zadania, znajduje się poniżej:

UWAGA! To jest przykładowy skrypt, którego NIE NALEŻY uruchamiać. Przed jego uruchomieniem należy przeglądnąć podane opcje i dostosować je do własnych potrzeb, zmieniając m.i. nazwę grantu, nazwę partycji, czas trwania zadania, itp. 

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J testjob
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 2
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=24
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=5GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"

module load plgrid/tools/imagemagick

## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

ls *.tif | xargs -t -d "\n" -P ${SLURM_NTASKS} -n 1 srun -n 1 -N 1 --mem=5gb mogrify -format png

Powyższy skrypt dla każdego pliku *tif w katalogu uruchomi aplikację mogrify, tak aby skonwertować obraz do pliku png. Pierwszą czynnością jest wylistowanie plików wejściowych, następnie wynik jest przekazywany do komendy xargs, która przez parametr -P zapewnia równoległe uruchomienie dalszego polecania srun. Do każdej instancji srun zostanie przekazany jeden parametr, maksymalna równoległość wyniesie ${SLURM_NTASKS}. Każdy srun uruchomi aplikację mogrify na jednym rdzeniu z przydzielonym 5GB pamięci.

Tryb interaktywny

Do zlecania zadań w trybie interaktywnym z powłoką służy komenda (przykład): srun -p plgrid-testing -N 1 --ntasks-per-node=1 -n 1 -A <grant_id> --pty /bin/bash -l Powyższa komenda uruchomi zadanie w partycji plgrid-testing na 1 węźle z alokacją 1 rdzenia.

Samo polecenie srun odpowiada za uruchomienie komendy w ramach zaalokowanych zasobów.
Jednak w przypadku, gdy zasoby nie zostały wcześniej zaalokowane, komenda ta uprzednio dokonuje ich rezerwacji tuż przed uruchomieniem obliczeń.

UWAGA: Tryb graficzny (poprzez protokół X11) dostępny jest jedynie na maszynie dostępowej klastra Prometheus.

Zadania tablicowe

Zadania tablicowe to mechanizm pozwalający na zlecanie dużej ilości zadań wsadowych, które są do siebie podobne. Zadania tablicowe posiadają swój indeks, dostępny jako zmienną środowiskowa $SLURM_ARRAY_TASK_ID wewnątrz zadania, dzięki któremu można odpowiednio parametryzować uruchamianą aplikację. Sposób zlecania zadania jest analogiczny jak w przypadku zwykłych zadań wsadowych, a przykładowy skrypt zawierający parametr --array -a, definiujący zakres indeksów, wygląda następująco:

UWAGA! To jest przykładowy skrypt, którego NIE NALEŻY uruchamiać. Przed jego uruchomieniem należy przeglądnąć podane opcje i dostosować je do własnych potrzeb, zmieniając m.i. nazwę grantu, nazwę partycji, czas trwania zadania, itp. 

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J testjob
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 1
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=1
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"
## Parametr wyznaczający indeksy zadania tablicowego
#SBATCH --array=0-100

## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

myCalculations $SLURM_ARRAY_TASK_ID

Zadania wykorzystujące GPGPU

Dostęp do węzłów z GPGPU

Dla zadań korzystających w obliczeniach z kart GPGPU przeznaczona została specjalna partycja - plgrid-gpu. Aby móc przeprowadzać obliczenia z wykorzystaniem GPGPU konieczne jest złożenie wniosku o grant właściwy, który przeznaczony zostanie w całości wyłącznie na obliczenia z wykorzystaniem kart GPGPU. Grant taki nie powinien być używany do przeprowadzania obliczeń w partycjach innych niż plgrid-gpu. We wniosku o grant należy wyraźnie zaznaczyć, że wymagany jest dostęp do partycji plgrid-gpu. Zalecane jest także (ale nie jest to konieczne), aby grant taki posiadał w nazwie wyraz gpu (np. obliczeniagpu) - ułatwia to identyfikację grantów. Każdy wniosek o dostęp do partycji plgrid-gpu jest rozpatrywany indywidualnie przez dostawcę zasobów.

Informacje ogólne

Karty GPU w systemie kolejkowym SLURM są rodzajem tzw. generic resources (GRES), a ich identyfikatorem jest "gpu".
Informację o tym na których węzłach/partycjach znajdują się karty GPU można otrzymać np. przy pomocy komendy sinfo:

sinfo -o '%P || %N || %G'

Zlecanie zadań odbywa się poprzez podanie opcji --partition=plgrid-gpu --gres=gpu[:count] systemu kolejkowego.
W przypadku gdy nie ma podanej opcji count, system kolejkowy domyślnie alokuje jedną kartę na węźle obliczeniowym.

Po zleceniu zadania system kolejkowy automatycznie ustawia zmienną środowiskową $CUDA_VISIBLE_DEVICES oraz zezwala na dostęp do zaalokowanych do kart.

Zadania interaktywne

Przykładowo, gdy chcemy uruchomić zadanie interaktywne na jednym serwerze i zażądać 2 kart GPU:

srun -p plgrid-gpu -N 1 -n 24 -A <grant_id> --gres=gpu:2 --pty /bin/bash -l

Zadania interaktywne MPI

Uwaga! Wyjątkiem jest uruchamianie interaktywnych aplikacji MPI (np. w celach testów). Z powodu nieco innej obsługi kart GPU niż zwykłych procesorów przez system SLURM, uruchomienie zadania interaktywnego wymaga niestandardowej procedury.

Przykładowo, gdy chcemy uruchomić zadanie interaktywne na dwóch serwerach i zażądać 2 kart GPU na każdym z nich (łącznie 4 karty GPU) na czas 1 godziny:

salloc -p plgrid-gpu -N 2 --ntasks-per-node 24 -n 48 -A <grant_id> --gres=gpu:2 --time 1:00:00

Polecenie salloc zaalokowało nasze zadanie i zwróciło jego numer, przykładowo 1234.

Następnie uruchamiamy srun wymagając 0 kart GPU w zadaniu o numerze zwróconym przez salloc:

srun --jobid=1234 --gres=gpu:0 -O --pty /bin/bash -l

Otrzymaliśmy dostęp do powłoki na jednym z węzłów, teraz po załadowaniu odpowiedniego modułu MPI można już uruchomić własną aplikację za pomocą mpirun lub mpiexec. Isotne jest aby podczas uruchamiania aplikacji nie przekazywać zmiennych środowiska, czyli w przypadku IntelMPI należy dodać parametr -genvnoneAplikacja będzie miała dostęp do wszystkich kart GPU zaalokowanych w komendzie salloc, niezależnie od wymagania gpu:0 użytego w srun.

Po zakończeniu testów należy usunąć alokację za pomocą:

scancel 1234

Zadania wsadowe

Dla skryptu wsadowego dodatkowe zmiany nie są potrzebne, przykładowo gdy żądamy po jednej karcie na węzeł obliczeniowy, wystarczy dopisać do skryptu: 

#SBATCH --partition=plgrid-gpu
#SBATCH --gres=gpu


Uwaga: Wszelkie informacje na temat komend SLURMa można znaleźć w manualu, np.: man sbatch

Monitorowanie kolejek, partycji, węzłów, zadań i zasobów

  • Sktypty specyficzne dla Prometheusa
    • pro-jobs - statystyki dla zakolejkowanych lub już uruchomionych zadań użytkownika
    • pro-jobs-history - statystyki dla zakończonych zadań użytkownika
    • pro-fs - statystyki użycia zasobów dyskowych przez użytkownika
    • pro-groupdir-fix - korekcja uprawnień danych w katalogu zespołu
    • pro-grant-jobs - lista zadań w ramach grantów użytkownika (zawiera także zadania innych członków grup grantowych użytkownika)


  • Narzędzia systemu SLURM
    • squeue - lista aktualnie zakolejkowanych/uruchomionych zadań
    • scontrol show job [<ID_zadania>] - szczegóły zadania
    • sstat -a -j <ID_zadania>/<ID_zadania.batch> - zużycie zasobów w ramach kroków (step) działającego zadania
    • scancel <ID_zadania> - usunięcie zadania (działającego lub zakolejkowanego)
    • sacct - zużycie zasobów zakończonego już zadania/kroku
    • scontrol show partition [<nazwa_partycji>] - właściwości partycji
    • sinfo - lista węzłów
    • scontrol show node [<nazwa_węzła>] - właściwości węzła


Przenoszenie danych z klastra Zeus

Klastry Zeus i Prometheus nie współdzielą żadnych zasobów dyskowych, w związku z tym, aby korzystać z danych zgromadzonych na Zeusie, należy je najpierw skopiować. W tym celu możemy posłużyć się komendami:

  • scp - w przypadku małych plików (używa loginu i hasła),
  • globus-url-copy - w przypadku dużych plików (używa loginu i hasła LUB grid proxy),
  • uberftp - w przypadku dużych plików, interaktywnie (używa grid proxy).


Podstawowe informacje o komendzie globus-url-copy:

  • składnia: globus-url-copy ŻRÓDŁO CEL, gdzie źródło i cel poprzedzone są nazwą protokołu: np. file://,
  • aby pobrać pliki z zeusa używamy 2 protokołów:
    • gsiftp - gsiftp://zeus.cyfronet.pl/ - uwierzytelnianie za pomocą proxy (musimy najpierw stworzyć grid proxy komendą grid-proxy-init),
    • sshftp - sshftp://zeus.cyfronet.pl/ - uwierzytelnianie hasłem PLGrid,
  • uwierzytelnianie proxy pozwala uruchamiać wiele transferów bez podawania hasła za każdym razem,
  • protokół docelowy to file:// czyli plik/katalog lokalny,
  • dla ŻRÓDŁA i CELU musimy podać pełną ścieżkę pliku lub możemy użyć skrótu w postaci ~plgLOGIN do naszego katalogu domowego,
  • dla CELU (czyli protokołu file://) możemy podać też zmienne środowiskowe np. $PWD - bieżący katalog,
  • w przypadku CELU gdy podamy nazwę pliku np. $PWD/nazwa.txt, plik zapisze się pod daną nazwą, a gdy podamy tylko katalog, to plik zapisze się pod taką samą nazwą jak źródłowy,
  • aby przesyłać całe katalogi, należy je najpierw spakować komendą tar -czf archiwum.tar katalog,
  • w przypadku gdy nasz login na klastrze Prometheus różni się od tego na klastrze Zeus możemy użyć wyłącznie protokołu "sshftp://" a do ŹRÓDŁA należy dodać login na klastrze Zeus np. sshftp://MOJ_USERNAME@zeus.cyfronet.pl/.


Przykład użycia komendy globus-url-copy:

  • skopiuj z katalogu domowego użytkownika plgLOGIN na klastrze Zeus, do bieżącego katalogu plik "bigfile.txt" i nadaj mu tą samą nazwę:
globus-url-copy sshftp://zeus.cyfronet.pl/~plgLOGIN/bigfile.txt file://$PWD/
  • skopiuj plik "/mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt" z klastara Zeus do bieżącego katalogu:
globus-url-copy sshftp://zeus.cyfronet.pl//mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt file://$PWD/
  • j.w. ale z podanym loginem z klastra Zeus (domyślnie używany jest taki sam użytkownik na jakiego jesteśmy zalogowani)
globus-url-copy sshftp://MOJ_USERNAME@zeus.cyfronet.pl//mnt/gpfs/work/plgrid/groups/plggGROUP_NAME/bigfile.txt file://$PWD/


Odnośniki do dodatkowych pomocy/dokumentacji:

Zasady obowiązujące na klastrze Prometheus

  • Obliczenia wykonywane na maszynie dostępowej będą usuwane bez ostrzeżenia. Maszyna dostępowa powinna służyć wyłącznie do przygotowywania plików wejściowych obliczeń i do ich zlecania na klaster za pośrednictwem systemu kolejkowego. Kopiowanie dużych ilości danych również może w znacznym stopniu obciążać maszynę dostępową, dlatego też zaleca się, aby kopiowanie przeprowadzać na węźle obliczeniowym (w zadaniu interaktywnym, np. srun -p plgrid -A grant_id -n 1 --pty /bin/bash -l). Podobnie jest z kompilacją programów - ją również należy wykonywać na węźle obliczeniowym, a nie bezpośrednio na maszynie dostępowej.
  • Obliczenia wykraczające poza zakres deklarowanego tematu badań zużywające znaczną część zasobów klastra będą usuwane bez ostrzeżenia.
  • Dane obliczeniowe należy składować i przetwarzać na systemie plików Lustre pod lokalizacją $SCRATCH.
  • W obliczeniach nie należy korzystać z katalogu /tmp, do przechowywania plików tymczasowych należy wykorzystywać katalogi znajdujące się pod zmiennymi $SCRATCH, $SCRATCHDIR lub $TMPDIR.
  • Na maszynie dostępowej ustawiony jest limit pamięciowy 6 GiB dla sumy wszystkich procesów danego użytkownika. Próba przekroczenia limitu powoduje automatyczne zabicie procesu próbującego przekroczyć ustalony limit.

Kontakt

Pomoc dla użytkowników PL-Grid: Helpdesk PL-Grid
Kontakt z administratorami: prometheus@cyfronet.pl, +48 12 632 33 55 w. 603

Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Prometheus:Basics&oldid=2151”